蔡邕上疏为自己辩白，但由于得罪人过多，都在灵帝面前说他坏话，终被打监牢，判“弃市”极刑。

蔡邕正准备启程回归故里时，五原太守王智为他送行。酒行数巡，王智起舞劝蔡邕，蔡邕不理。

蔡邕被司徒桥玄征召为掾属，受到桥玄厚待。后任河平县长，又被召拜为郎中，在东观校书，升任议郎。

王智是中常侍王甫的弟弟，本就很骄横，丢了面为宾客所嘲笑，就破骂蔡邕说：“罪犯也敢轻侮我！”

灵帝即位不久，常有雷霆疾风，伤树木，地震、冰雹、蝗虫为害，而鲜卑又侵犯边境。

灵帝因此下诏质问。

中常侍徐璜、左悺等五侯，擅权不法，不愿与其为伍，便假称生病，返回家中。在家无所事事，品玩古董，不与时人来往。

群臣都守如瓶，不肯尽心。

“原来如此！”蔡邕莞然一笑。

灵帝因蔡邕才望重，正好次年大赦，赦免蔡邕，准许返回原籍。蔡邕自从放逐到被赦免，历时九个月。 [page]

中常侍程璜使人匿名诬告蔡邕。

汉灵帝喜辞赋，创作《皇羲篇》，引来很多无行趋炎附势的人，都在鸿都门学任职，喜讲一些地方风俗、乡里小事，灵帝非常兴，不常理予以升迁。有几十个市井小人，谎称自己是宣陵孝，都被授予郎中、太舍人的官职。

灵帝幸的人也都诬陷他，蔡邕害怕无法幸免，于是逃命江海，远走

蔡邕吴地避难时，曾听到一块桐木在火中爆裂声音，知是一块制作音乐材的好材料，便把它拣来成琴，音非常妙，但是木尾依然被烧焦了，所以当时人们叫它“焦尾琴”。

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灵帝看了奏章很是叹息，起如厕时，奏章被曹节在后偷看，致使内容漏。

走，螳螂的动作一前一后。吾恐怕螳螂丧失机会，一时心慌。这难就是所谓杀心到音乐中吗？”

灵帝问群臣造成怪异现象的原因。

蔡邕上疏建议灵帝废除近禁，不要拘于时间与三互法，只要合适的就可以任用，但灵帝没有理会。

被弹劾的人都非常恨蔡邕，企图打击报复。

蔡邕走到偃师，听人说

汉桓帝听说蔡邕琴弹得好，命陈留太守督促他启程朝。

当初，朝廷认为州郡会相互勾结结伙营私，于是下令互为婚姻的家和两州人士，不得互相担任监察官吏。

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灵帝虽然采纳了分建议，如亲自在北郊迎祥气，举行辟雍礼仪，又下诏把那些以宣陵孝为名被任命为太舍人的，统统改任丞尉，但却引来了被弹劾官宦的嫉恨。

蔡邕由于任，意气用事，一生仕途坎坷，跌宕起伏。

中常侍吕怜悯蔡邕无辜，替他向灵帝求情，灵帝也想起了蔡邕之前奏章的话，下诏将他免死，与家属被放至五原安县，不得因赦令而免罪。

蔡邕上奏，认为妇人、宦官预政事，是怪异发生的原因之一，并弹劾太尉张颢、光禄勋玮璋、长校尉赵玹、屯骑校尉盖升等人贪赃枉法，又举荐廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘，建议向他们咨议朝政。

后来又有三互法，规定互为婚姻家和两州人士不得互为官，禁忌更加严密。

相传蔡邕拆柯亭第十六竹制笛，命名“柯亭笛”简称“柯笛”、“柯亭”，其音优。后泛指笛，也比喻良才。后世史书对蔡邕制作“柯亭笛”多有记载，如伏滔《笛赋序》：“柯亭之观，以竹为椽，邕取为笛，奇声独绝。”《晋书·桓伊传》：“（桓伊）善音乐，尽一时之妙，为江左第一。有蔡邕柯亭笛，常自之。”

王智非常恨他，于是密告蔡邕心怀怨恨，诽谤朝廷。

蔡邕看不惯，上疏《密言七事》。

蔡邕甩袖而去。

蔡邕遇害后，焦尾琴保存在皇家内库之中。据说后世齐明帝在位时，曾取焦尾琴请弹琴手王仲雄弹奏。王仲雄连续弹奏五天，并即兴创作了《懊恼曲》献给明帝。后传至南唐中主李璟手中，后又赠与大周皇后及至李煜，李煜死后归宋室所有。据传，明朝昆山人王逢年还收藏着蔡邕制造的焦尾琴。