抚良民，本应论功行赏，加官爵，难就因一些微不足小事，就定他死罪吗？陛下如此不公平予以罚，恐怕有负众望，百官有所不服。”

灵帝看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱中，要重新定罪。

这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何、袁隗、杨赐等三公要员继续上书，要求赦免王允。

又过一年，王允才被免罪释放。王允虽对张让等人的行径恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛，辗转于河内、陈留之间。

灵帝驾崩，王允急忙赶赴洛吊丧。此时，朝廷极度混，以何为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对局势的控制权。

为了削弱宦官势力，何利用各地方官吏奔丧机会，广泛结拉拢亲己势力。 [page]

王允一到洛，就被何急召见，并说明意图。王允很激何救命之恩，满答应。

何掌权后，王允被辟为从事中郎。何被杀，王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。

董卓废掉少帝，献帝继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令，并替代杨彪任司徒。

董卓从驻洛到迁都长安过程中，废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷，专横跋扈，残暴肆的行径，使王允锐地意识到，董卓将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须铲除。

王允之所以隐忍不发，是接受了在政治争斗中遭受失败的教训，不得不转变斗争策略。他清楚地知，董卓手中掌握有大军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动击，只能是以卵击石。

于是，王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却心积虑，周密布置。

董卓洛后，为了站稳脚跟、扩大势力，极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声，顺势归顺，尽量迎合。有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。

董卓见王允不但有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，便把王允当作自己心腹亲信，不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允理。

王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的事务。杨勋是当时朝廷中正义之土，不畏暴，一直持斗争，曾与皇甫嵩一起密谋诛杀董卓，后因董卓与皇甫嵩言和，到自己势力弱小，只得作罢。

一次，

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董卓问王允：“不知谁最适合担任司隶校尉？”

王允不假思索地回答：“只有杨勋合适。”虽然明知董卓与杨勋之间矛盾很，王允毅然推举了杨勋。