板仓重昌怒不可遏之余，发现佐贺藩中有人与岛原城内的起义军暗通曲款----佐贺藩军中有基督教的同情者----当下撤下了佐贺三藩所，调用唐津、久留米、森藩、锅等藩队战。

理说，此番动的都是诸侯的队，消耗的都是诸侯的力量，打得快打得慢对幕府来说没有什么大的损失，可问题是，总指挥官是江幕府派去的，外人总觉得讨伐军打的不好是因为总指挥官手艺太了，这就让德川幕府丢了面，于是，为了严肃军心，即便得知讨伐军已经收复岛原城了，江老中会议还是了解除板仓重昌讨伐军总指挥的决议，并任命忍藩藩主、三代将军家光小姓的老中松平信纲为新任讨伐军总指挥，立刻赶往九州接替板仓重昌。

板仓重昌战死了，岛原北线的战事自然就自动停止了下来，但起义军的局面并未真正得到改善，相反，随着西路讨伐军现在了濡川上游河谷及岛原西乡等地，起义军回旋的余地已经越来越小了，一旦松平信纲就位，一场更加血腥的战斗必然不可避免······

尽最终胜利的夺取了岛原城，斩杀了留守岛原周边的3000百姓，但二十多天就这么耽搁了，以至于起义军已经顺利的在各设立起了山砦，幕府讨伐军速决速战的企图却是彻底破产了。

日，小仓藩和中津藩以伤亡150人的代价，夺取了四阿山砦，守备四阿山砦的岛原百姓350人，全军覆没；两天后，石冈藩和柳河藩也以180人伤亡为代价夺取了南崩山砦，并杀死了山砦中的300男女百姓；至此岛原城的支城全陷落，守军陷了孤立无援的境地。

得到自己被幕府解职的消息，板仓重昌内心中的那弦断了，于是他便亲自上了一线，指挥队攻打龙石海岸线边的须川山砦，结果自然是求仁得仁，死在了守军的弹之下。

说起来，唐津等藩加起来兵力还不如佐贺一藩为多----只有佐贺藩的一半不到----原也是拿不下岛原城的，但岛原藩藩主松仓胜家罪立功，找到一条没有被起义军发现的密，然后通过这条只能供一人通行的密，直接到了岛原城的本。

等趁着守军被唐津等藩联军的攻所引之际，板仓胜家领着10余个随从自本杀，一时间突袭得手，杀死了起义军在岛原城内的指挥官，失去指挥的起义在腹背受敌、士气消散的情况下并没有能持多久，就这样，岛原城落了幕府讨伐军之手。

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然而就在板仓重昌自以为即将攻陷岛原城之际，守军却凭借着山京雄半卖半送给起义军的几门“地铳”的威力，再一次挡住了佐贺三藩的攻，以至于替代在江的佐贺藩藩主锅岛胜茂指挥佐贺三藩联军的，莲池藩藩主锅岛直澄直接抱怨称“只有大筒才能压制大筒，所以需要幕府调拨大筒战”。