迎祥死后，孙传继续力行剿贼事宜，至崇祯十一年先后在合、澄城和庆等地剿灭了过天星、混天星、大天王等农民军，基本稳定了陕西局势。

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崇祯十一年八月，东虏寇京畿和山东，孙传奉诏京勤王，十一月初孙传抵达北直隶，并于二十一日兵解了真定之围，小胜东虏一阵，后象升败亡，崇祯即命孙传为保定总督主持击事宜。

原来的历史，崇祯因为天下局势糜烂至极，崇祯无奈之下，于崇祯十六年将孙传释放，让其督军剿贼。

“将军说的是，只是朝廷军正在许州、襄城一带和寇对峙，就是汪总督支持本院的提议，这兵如何能够掉的？再者一旦撤防，洛和开封再无屏障，届时中原糜烂，岂不是鹬相争，渔翁得利，尔等还有何建议？”

就是他在陕西任上，于黑峪四战三捷，一举擒获祸陕西和中原一带的农民军领袖迎祥，剿灭了十五农民军，给濒临绝境的大明朝打了一心针。

“孙院，非是末将不愿，只是末将听说那个李兴之可是个狠人啊，崇祯十一年东虏寇时，他带了两千山贼就打败了东虏的七贝勒阿泰，崇祯十二年初又在莱州以五千兵，击败了伪清镶红旗旗主成亲王岳托，歼敌逾万，这次他率军辽，更是连创大捷，伪清国都和皇帝黄台吉都被他拿下了，我军只得三万之众，又岂是他的对手？”

左翼总兵左勷是孙传亲兵，对孙传忠心耿耿，他到不是不想随孙传杀回京师，只是靖北军的赫赫武威令他有些恐惧。

中军总兵成虎也反对孙传兵平的建议，他是秦军悍将之一，在军中威信颇，这会提的建议又甚是中肯，孙传不得重新考虑起兵之事。

不过孙传为人刚直，和卢象升一样，与杨嗣昌、陈新甲以及起潜等人意见相左，并屡次争持，后因耳聋之故请辞保定总督，崇祯认为孙传这是在推卸责任，杨嗣昌和起潜二人又趁机谗，孙传遂被打大牢。

孙传掌权后，认为东虏势大，已方兵虽多，但懦弱不堪，并不足以和东虏野战，向朝廷提了不轻、严守备、伺机攻的御敌策略，并在武清、蓟州和冷关几次战役中小胜东虏。

“孙院，我秦军新练不久，兵甲械都不完备，如今朝廷锐军又皆在中原五省总督汪乔年，所谓单丝不成线，孤木不成林，我等就是有意起兵拨反正，还必须得到他的支持，再说如今太及诸王皆在德藩掌握之中，他若是以陛下嗣威胁，我等该如何置？”

在这一世，由于李兴之穿越的蝴蝶效应，张献忠和李自成提前反，杨嗣昌又早死了一年半，孙传也同样也被崇祯提前释放，返回了陕西任上，只不过由于松锦大败，秦军主力尽丧，孙传至陕西后，召集旧，不过才堪堪新编了三万新兵。