不过胆敢抵挡禁卫军的本没有多少，大军一路清剿，也只在威海卫打了一场仗，先是击溃了胆敢城迎战的叛军，然后以火炮轰破威海卫城，大军攻城中，斩杀负隅顽抗的叛军数百，其他叛军便不战而降。

用了两个月时间，周遇吉率军占领了登州府所有卫所，并占据了莱栖霞文登黄县招远宁海福山等州县，每个县皆屯兵千余。

这项政策一，沿海军们欣鼓舞纷纷向济南皇帝所在方向跪拜磕，呼万岁。

有的卫所被叛军占据，周遇吉一到便发动攻，他随军携带了红夷大炮二十门，皆用海船装载随行，到达沿海卫所之后，靠着红夷大炮能轻松轰破卫所城墙。往往城墙轰破，叛军便会不战而降。便是有叛军想负隅顽抗，也不是锐的辽东禁卫军的对手。

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攻占卫所之后，先行甄别，把带叛的目还有卫所将领统统抓来杀，至于普通的叛军，则一律用船送往辽东屯边。辽东现在地广人稀，有的是土地，这些叛军被押到辽东后先两年苦力恕罪，然后会分给他们田地耕。

至于没有参与卫所，禁卫军占据以后，也会把卫所将领们揪来，以畏敌如虎失职侵占军田等一系列罪名抓起来充军辽东，他们霸占的军田自然也会充公。

自此，遍布胶东三府的闻香教起义，只用了三个月时间，便被彻底平定。

周遇吉登陆登州城以后，先是派兵控制了登州府城，把登州城牢牢控制在自己手里。面对周遇吉的势，登莱巡抚登州知府监军督粮等登州官员都不敢吭声，济南兖州等府官吏的下场震慑了他们，他们生怕周遇吉也对登州官场来一场清洗。

赵率教则控制了青州莱州府北州县。

再接下来，平定叛的速度更加迅速了，周遇吉大军一到，各叛卫所纷纷归降。能分到田地过上安生日，这些军也不想造反。

而于此同时，张世泽也击败了十数支农民军，占领了胶南青州南等州县，并在崂山击溃了闻香教最后的军队，抓住了闻香教圣女，而闻香教二领王爷则不知所终。

是军队，至少和普通百姓相比，那些军官还是懂得一些战斗技能的，这些造反军又占据城池，一般而言，想剿灭并非易事。不过这次剿他们的却是最锐的辽东禁卫军，而且足足两万大军！

剿匪在即，周遇吉却没有时间理会这些官员，控制了城防，控制了粮仓之后，先分兵攻取黄县招远，周遇吉自己则亲率主力向东攻向各卫所。

很快朱由检派人来到登州府，宣布所有沿海卫所军一律改为民，军田则充为官田，分给这些普通军耕。从此以后，这些军便和清田司所属其他民一样，只需要缴纳田租，不需要再承担军役，田租的比例远低于给将领们当军。