大统领刘牢之为前锋都督，逆而上，向桓玄的荆州军发动攻。

桓玄不惧敌来犯，亲自披挂迎战，在姑孰击败并俘虏了朝廷大将司尚之，同时指挥庞大的师舰队封锁长江，成功阻断朝廷联军的粮。

看掌握了整个战场的主动权，桓玄又派遣亲信荀雯作为密使，潜敌营策反刘牢之。

著名的墙草刘牢之，在大军粮草断绝和桓玄许以厚利的双重因素作用下，再次展现其首鼠两端、投机反复的风格，于阵前倒戈，投靠在了桓玄旗下，并掉过来对司元显发动突然袭击。

由于猝不及防，本又缺乏足够的指挥能力，年轻的司元显终究不是桓玄的对手，大军一溃千里，最后竟然还把东晋都城建康也丢在了荆州军的手中。

桓玄率领大军城之后，雷霆霹雳般的接掌了朝堂大权，并且直接派兵抓捕了司元显，以谋逆罪将其死。

而对于自己的老对手——会稽王司，桓玄表面上保持了起码的礼遇，可是心中却始终没有忘记当年对方在酒宴上羞辱父亲桓温和自己的仇恨。没过多久，他便找个借把司放到了安成郡，并暗中指使御史杜竹林，用毒酒害死了这位年仅三十九的会稽王。

“墙草”刘牢之同样也没能得到好下场。桓玄在顺利执掌朝堂后，明升暗降的剥夺了他一切兵权，改任其为征东将军兼会稽太守。看着下日渐离散，加官爵的好梦完全落空，刘牢之悔恨难当，最终选择用自缢的方式，结束了生命。

相较刘牢之悲惨结局而言，同样为北府将领的刘裕，却走上了另外一条人生轨迹。

司元显讨伐桓玄的时候，刘裕当时正随同刘牢之率领的北府兵，在前线与荆州军对峙。主将突然倒戈投降，他作为下无可奈何，只好跟着一起改旗易帜。

不过，在一众投降过来的北府将军之中，刘裕是唯一一个真正受到了桓玄青睐重视的人。

这其中的原因也非常简单，他是当初追随赵亮，护送桓玄平安返回荆州的大功臣之一。

所以，在年轻的南郡公看来，刘裕不仅是自己的恩人和朋友，也是北府军中唯一可以信赖的将领。于是，桓玄连续几次给刘裕晋升官职，并且将越来越多的兵力给他来指挥。

刘裕也不负桓玄的期望，为朝廷相继平定了孙恩和卢循借助五斗米所发动的平民叛，在军中的地位日渐鼎盛。

公元403年冬，刚刚掌权一年时间的桓玄，受不住权力的诱惑，心中萌生了跟他父亲桓温一样的念，打算百尺竿更一步，取皇帝而代之。

对于此事，他的法可比其父要直截了当多了。

桓玄甘冒天下之大不韪，直接威晋安帝司德宗禅位，并建立了“桓楚”政权，自封君主登基。

对于这场突如其来却又在意料之中的政变篡位，忠于皇室的各路人纷纷起兵讨伐，刘裕便是其中一个。由于北府兵的战斗力最，而他个人的声望也极，所以无论是豪门望族，还寒门布衣，都纷纷推举他来担任讨桓盟主。

于是，刘裕汇集东晋各地军队，向篡位者发起了挑战。经过连番苦斗，桓玄终究不敌刘裕，于公元404年战败死，年仅三十六岁。

这也正应了赵亮当初奉劝他的那句话：“权势诱人，仇恨弥久，天循环，民心向背。”