作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为"掌直驾侍卫、巡查缉捕"，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。

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对此，朱由检除了另派卧底、监察，也没什么办法，不过他是皇帝，自然不需要自己想办法，于是仍然令人献计献策，择其善者而从之，一步完善了锦衣卫。

锦衣卫首先是皇帝的侍卫亲军和仪仗队，由将军、校尉和力士组成。将军初名"天武"，永乐时改称"大汉将军"，选取貌雄伟、有勇力者充任，作为殿廷卫士。校尉、力士拣选民间健康、没有前科的男充任，校尉掌卤簿、伞盖，力士举持金鼓、旗帜。

报机构，前为太祖朱元璋设立的"拱卫司"，后改称"亲军都尉府"，统辖仪鸾司，掌皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年(1382年)，裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。

鉴于此，朱由检特意调了让他们想办法提专业素质，增加效率。

平日里没有朝会活动时，各卫亲军分别值守皇城四门，唯独锦衣卫

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作为皇帝的贴卫队，为了保证皇帝的安全，锦衣卫必须防患于未然。他们于是时时动，刺探可能威胁皇权、危害朝廷的行为和言论，并捉捕和审讯嫌疑人。他们的这项任务被皇帝特许，并逐渐演变为军事特务的职能。

所以朱由检来锦衣卫的，基本和东厂一样。

锦衣卫首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并行不公开的审讯。这里，朱由检也不打算更改，用后世码农血泪经验来说，就是如果一个程序能跑，哪怕没有，如果你不理解，那就不要随便改动它！

（本章完）

所以为了安全起见，朱由检还加重一奖赏制度，对于那些能够及时发现威胁、异常的予以奖励。并给所有小旗及以上官员发望远镜。

（大分说明内容引用自百科。）

南、北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千、百、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。

每当皇帝因祭祀或巡游而时，锦衣卫也要在驾前扈从。他们有的负责沿途巡视，有的负责在銮跸与京城之间传报消息，有的在驾旁侍骑，传奏御辇的起落。

将军在午门外昼夜守卫，总共100人。午门是城的正门，可见锦衣卫地位之。

每年正旦、冬至、万寿节三大朝会，锦衣卫与其他亲军一起承担侍卫和仪仗职责。仪仗队伍共有四千人余人，其中锦衣卫多达一千五百人。朝会期间距离皇帝最近的就是锦衣卫，随时侍奉左右，听候调遣。

"巡查缉捕"是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之，负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南、北镇抚司，其中北镇抚司是洪武十五年添设，专理皇帝钦定案件。成化元年，增铸北镇抚司印信，一切刑狱不必关白本卫。北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、决，不必经过一般司法机构。

洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑，废除了他们的这项职能。成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加。他设置了北镇抚司，专理"诏狱"，可以直接逮捕和拷问犯人，刑、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。负责侦察、缉捕的锦衣卫官校称为"缇骑"。由于权力缺乏限制，他们为了邀功请赏而罗织罪名，不择手段地扩大牵连范围，制造的冤假错案不胜枚举。

皇帝在奉天门御门听政的时候，锦衣卫堂上官一员侍立在御座西侧，负责传旨。锦衣卫将军一百二十九人与千二人、百四人，分别守护在丹陛、御、金桥以及奉天门广场的各个门前。此外还有锦衣卫校尉五百人，排列在午门内外，负责鸣鞭及执掌仪仗。

除此之外，朱由检特意让他们挑选善于随机应变的加以培训，然后派往野猪那里，收集情报、离间、策反他们。