林灵素急召建昌军南丰士王文卿，他是神霄甲之神兼雨。王文卿到后，执简敕，果然下雨三日。赵佶赏赐王文卿，敕加凝神殿侍宸。林灵素则益受赵佶眷顾，权势日益大。

宣和元年三月，京师大临城。赵佶诏令林灵素登城治。诏令发后，势并未消退。林灵素回奏皇帝：“并非臣不能治。一者此事乃天，二者此洪因太而来，须令太祭拜，相信可以退”。赵佶于是派太登上城楼，赐御香，设四拜。恰好退下四丈，夜里洪退尽，京城百姓都敬仰太的圣德。此后，林灵素上表乞请退职还乡，赵佶不允。

林灵素遵赵佶的圣旨修书，改正诸家醮仪，校对《仇丹经灵篇》，删修注解。每遇初七日，他就升座，座下都是宰执百官、三衙亲王中贵，观看的人众多，他讲说《三经》。京城士民由此开始信奉教，林灵素尽风，蔡京等失尽面。

京城神霄建成后，赵佶率蔡京和群臣庆贺。早斋罢，赵佶引百官游观，忽然一上联：宣德五门来万国。蔡京等沉思许久，不能回答。赵佶就问林灵素：“你能对否?”林灵素应声而答：“神霄一府总诸天。”赵佶大喜。

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赵佶曾经对林灵素说：“朕昔日到青华帝君，获言改除髡，这是何意？”林灵素于是说是佛教害，当今虽不可灭，合当

蔡京本不被林灵素放在里。比蔡京更有来的佛祖、菩萨，林灵素也没当回事。他获得赵佶的信任后，便一力撺掇赵佶灭掉佛教。教教主赵佶在他的怂恿之下，悍然决定灭佛，下令将佛教纳教，佛祖改称为天尊，罗汉、菩萨改称为大士。和尚改称为德士，尼姑改称为女德。佛教不能作为一个独立宗教存在，传播了近千年的佛教，差一因为林灵素愤而亡。

在十五日月圆夜，林灵素对弟张如晦说：”我的法门只传授给你，尚有六印九符并六丁妙用神机，全授予你，世代只传一人，不可轻。另有七宝素珠一串，如果皇帝来取，给他便是。你将来当是朝廷全节大忠臣，今日师徒分别，他时神霄再会。“于是羽化而去。

第二年，京师大旱。赵佶命林灵素祈雨，没有应验。蔡京趁机向皇帝言治其罪，赵佶秘密告诉林灵素：“朕诸事都听从卿的建议，你须祈求三日大雨，用来堵大臣对你的诽谤。”

林灵素到达温州，他的弟张如晦也辞官随他而来。宣和二年八月的一天，林灵素突然携带上表拜见太守，求他上给皇帝。然后和州官、亲族、邻里诀别：“尘世不可久恋，况且大祸将至，我当尽快辞世。”

九月，有人向赵佶言，说林灵素妄言迁都，妖惑圣聪，改除释教，毁谤大臣。林灵素听了大笑，知是蔡京作祟，于是招诸弟和监官吏说：“皇帝前后宣赐给我的品大约值三百担，自去年用千字文字号封销，记录分明，丝毫未用，可以回中。”然后，林灵素走通真，离开京城，只带了些衣被。赵佶宣唤，他也不回来。赵佶只好赐他居温州观。

林灵素在得势之时，门徒达到上万人，他是教神霄派的创教祖师之一，被赵佶称为聪明神仙。

林灵素生前在城南山选好坟址，告知张如晦：“可挖掘五尺的墓，见到蛇便下葬。”张如晦遵照师命，墓挖掘到五尺，并未见到蛇，于是继续挖，直到不可视，只好下葬。

、建仁济亭施符，开神霄宝菉坛。赵佶还诏命天下的天宁观改为神霄玉清万寿，没有观的用寺庙代替。并设长生大帝君、青华大帝君像。

通真内有一室，是林灵素静之所，常年封锁，即使赵佶来了也不让去。蔡京派遣人暗中探访，据说室内有黄罗大帐、金龙朱红椅桌、金龙香炉等。蔡京上奏赵佶，请赵佶亲自去察看。赵佶临幸通真，带蔡京一同到达，命林灵素打开锁，室内。里面却是粉明窗，椅桌二只而已，别无他。蔡京恐慌，急忙伏地谢罪。林灵素明白这是蔡京在心积虑构陷自己。

改正。此事却惹怒了皇太，于是上殿和林灵素争论，皇太命令胡僧十二人、五台山僧人等二人与林灵素斗法。结果僧人大败，情愿冠执简。太乞求赵佶饶恕僧人，赵佶下旨释放胡僧。但和尚是中国人，把其押送到开封府，刺面发到开宝寺。