这时候的杭州这边的官军，也连克富、新城、桐庐各县，直睦州。睦州的方腊军队开城战，王禀当先驱杀，辛兴宗、杨惟忠等人分两翼夹击。方腊的军队被杀得落，弃城而逃。各路官军陆续得胜，于是想会合全师，协攻清溪。

张叔夜将招降宋江的事情，上奏朝廷。朝廷认为海州已经无事，就将叔夜调任济南府。宋江接受招安之后，奉张叔夜的命令，带着一百多人，赶赴江南。他们来到时，熙河前军统领辛兴宗等人正在浙西境内的江涨桥，与方七佛等苦战。两边相持不下，宋江麾众冲杀，把方军驱退。宋江当下遇着王禀，连忙呈上张叔夜的手书。王禀看完，便：“既然是张知州令你到此，就留在营中，静候差遣！”

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张叔夜派人来劝降，宋江此时已经没有多少下，只得接受招安。

刘光世于是麾兵城，接着收复龙游、兰溪、婺州。姚平仲也收复了浦江县，张思正收复仙居、剡溪、新昌等县。王禀因此专攻清溪，方腊于是从清溪奔回帮源峒。王禀直清溪，发檄召集各军一同攻打方腊。于是刘镇、杨可世、公直等从西路军，王禀、辛兴宗、杨惟忠、黄迪等从东路军。官兵前后夹攻，锦旗遮天。

官兵们自然不甘心，于是沿路搜缩，陆续剿杀。但是斩杀了一万多人，依然不知方腊的下落。这时，有一个小校，而，带领几个人，悄悄来到溪谷中。他们遇到了一个村妇，就打听方腊的所在。没有想到这个村妇居然知，并指明了行径。

环庆将领杨可世，从泾县过石隘，斩杀了三千多人，攻克旌德县。泾原将领刘镇在乌村湾，打败方腊军，夺取了宁国县。六路都统制刘延庆，又从江东宣州，与杨可世、

果然敌众不值一战，碰着枪就倒地，挨了刀就断。郑王回就揍，被刘光世连发二箭，迭中项领，忍不住痛，猝然倒，官军赶了过去，立刻擒住。他的下见郑王被擒，因此不敢城，四散逃去。

次日黎明，王禀传命饱餐，约好时辰一同军，大众遵令而行。不久已至辰牌，官军寨而，直捣杭州城下。方七佛开城挑战，宋江麾下战士，奋勇杀，搅方七佛阵中。王禀也驱军杀上，方七佛遮拦不住，麾军退回。双方在杭州恶战多日，宋江麾下死伤惨重。不过，总算最终，攻克了杭州，方七佛带着少数下逃走。

刘光世来到衢州，方腊的大将郑王披发仗剑，率城迎战。他的手下也都是五颜六的怪饰，好象来的是一群妖。官兵们见状，不免有些心惊胆颤，渐渐退后。刘光世毅然下令：“他这是假术骗人，毫无法力，众将士尽可向前杀。就算使他有妖术，本统领自能破他，不必惊惧。”将士闻令，各放胆前，刀枪并举，冲敌阵。

不料霍城这边，突然冒一个人，叫着裘人，起兵响应方腊。他率接连攻克东、义乌、武义、浦江、金华及新昌、剡溪、仙居诸县。于是台州、越州一带，方腊军声势再震。还有衢州方腊多残，也信州。官军不得不分兵援救，因此方腊得以勉守。

方腊率众占据帮源峒，以岩为屋，分作三窟。个甚很窄，派人守住，有一夫当关“万夫莫开的形势。官兵于是纵火，烧了峒。方腊麾下扼守不住，只好退去，官兵们鼓噪而。峒中，顿时豁然开朗。只是路径复杂，不知方腊去向。问抓到的方腊麾下，他们死也不肯供方腊住。

刘镇二军会合，一同攻打歙州，歙州的方腊麾下闻风而逃。

童贯见各军已经近清溪，不能再退，于是上奏请求再调援兵。赵佶因此又派遣内官梁昶，监鄜延将刘光世率兵一千八百余人，去讨伐衢州、信州的方腊麾下史珪。刘光世字平叔，保安军人，镇海节度使刘延庆次。监河东将领张思正，率兵二千六百余人，去讨伐台州、越州的关弼，监泾原将领姚平仲，率兵三千九百余人，去讨伐浙东方腊残。

不久，辛兴宗、杨惟忠等到了杭州，王禀迎城内。王禀报告破城情形，于是陆大举，向睦州发。方腊闻报，不觉大惊失，急急退回清溪。方腊下的锐，大多在杭州。此次杭州丢失，伤亡惨重，方腊自然心惊。西路一带，也纷纷解。