很久，他才以显谟阁直学士为颍昌知府。有得罪中人的百姓，虽然遇赦也不赦免，徐仁却替他们禀奏皇上。童贯趁机排挤他，徐仁被削夺职位，掌鸿庆。

讲读完，接着昨天的话题，徐仁：“从前周让冢宰掌握国家财政，在年末时，应当总合朝廷一年财用的数目，量为，节省不必要的开支，停止横征暴敛，百姓富足，军需储备必定丰厚。”赵佶称好，下诏设裕民局讨论振兵富民的方法。

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赵桓即位，金兵犯京城，徐仁储存粮作准备，聚集兵上万人为朝廷效劳；他还上奏乞求皇上下诏亲征，以伸张国威。奏书到时，朝廷恰好下亲征诏书，任命李纲为行营使。他立即把奏书转给李纲，讲述防御策略。

金朝侵，尚书右丞李纲、燕山府路提举常平沈琯同赴东府去见枢密耿南仲、李棁等商议抗敌。前知严州李邈上御敌之策，赵光义以为然，但因耿南仲主和，就没有了结果。二月，赵桓罢了主战派李纲尚书右丞、亲征行营使之职，太学生陈东率诸生数百人伏于宣德门下上书请求任用李纲、河北河东宣抚使师，在上书中称“吴、耿南仲必与李纲共事”。

三月，赵桓升耿南仲为尚书左丞。先前逃的太上皇赵佶将要回京，宰相们在延和殿奏事时，耿南仲商议屏去李复左右。李纲说耿南仲不以尧、舜之辅佐，是暗而多疑。赵桓只是笑，耿南仲愤怒。退朝后，赵桓召对耿南仲、李纲等于睿思殿，赐茶完毕，耿南仲突然起说：“臣刚才在百官队伍中看到了左司谏陈公辅，他是李纲结连士民伏阙上书之人，岂可为谏官？请求下御史狱对质。”

赵桓到愕然，李纲说：“臣与南仲所论是国事，南仲却说这话！愿因陈公辅事被下吏问讯。”赵桓不认可耿南仲所奏，但耿南仲仍持。李纲因而请辞，赵桓不答应。四月，赵佶回京，在耿南仲建议下，赵佶左右内侍十人被贬黜。同月，赵桓以时任中大夫尚书左丞的耿南仲，为门下侍郎。

耿南仲是开封

宣和七年十二月，赵佶要内禅给赵桓，赵桓决推辞，这时赵桓得了病，卧福宁殿，宰相百官排队等候，到了黄昏，也不敢退走。宰相李彦说：“皇太素亲耿南仲，可召之。”耿南仲与门下侍郎吴到殿中侍疾，视赵桓就医用药至夜半，赵桓稍醒。次日一早，赵桓即位，拜耿南仲资政殿大学士、签书枢密院事。靖康元年正月，免去签书之职。因耿南仲是东旧臣，礼敬尊重他，赐宅一区。

赵桓厌恶太傅王黼，王黼秘密谋划让得的皇当时改封郓王的赵楷夺嫡。赵桓儿赵谌被任为节度使、封崇国公，王黼认为赵谌仅可当观察使，对赵桓说“皇孙不同于皇”，召耿南仲到府第，指使他代东起草代赵谌辞官的奏章，使得赵谌没有被任官，意图以此动摇赵桓的地位。

赵佶派吴、耿南仲初，谕他们称已宣旨召李纲。众生要耿南仲帮忙言，担心耿南仲使诈，于是簇拥其，耿南仲直接朝。太学生杨诲也上书请求主战，说“以吴之炼达、耿南仲之老成，将建功，何有不济！”耿南仲指称陈东等为李纲所指使，建议逮捕涉事数人下御史府，钦宗不从。

金人请求讲和后回去，徐仁上奏说应当在浚、埋伏军队，在敌人渡到河中间时袭击他们。赵桓下诏徐仁任中书侍郎。朝见皇帝，赵桓问他割让三镇的事情，徐仁说：“国家不要受侵犯，况且定武是陛下的原王府，不应放弃。”吴推荐徐仁可任宰相，赵桓于是授他为太宰兼门下侍郎。

赵佶询问天下之事，徐仁回答：“天下大势在兵和民，现在除了灾旱灾之外，赋役繁重，公家私家凋敝，兵民都很贫困，不趁现在谋划，以后将有图谋不完的事。”赵佶说：“如果不是你，我听不到这些话。”第二天，赵佶任他为侍读。

府人。明《易经》，有贤名。元丰五年与余同年中士。在国监主簿任上，被翰林学士蒋之奇推荐为可台阁清要官员的人材。政和元年三月，为侍讲司门员外郎。二年，以礼员外郎为太右庶，改为定王赵桓、嘉王赵楷的侍读。宣和元年，赵桓奏称耿南仲已讲完《孟》，请求让耿南仲讲《诗经》，获准。耿南仲在东十年，为赵桓了十五年的劝讲官。后来，他父母也得到下敕追赠。