公元1375年年初，刘基患病，朱元璋命胡惟庸带御医前去医治。刘基服药之后，腹中现一个像拳大的块，十分难受。

朱元璋半信半疑，没有责备刘基，却减少了他的俸禄。刘基听说了此事，担心引起朱元璋猜忌，便朝谢罪，住在京城，不敢回乡下了。

朱元璋又问汪广洋如何，刘基说，他的气量还不如杨宪，更不行。朱元璋接着问，胡惟庸怎么样？刘基说：“胡惟庸就像是匹劣，迟早会把车翻的。”胡惟庸知以后，对刘基怀恨在心。

朱元璋任命刘基为御史中丞兼太史令。刘基整肃纲纪，执纪严明，鼓励御史检举弹劾，凡是有过错的大臣，一律依法惩治，引起许多人的怨恨。李善长的亲信李彬贪污，刘基毫不容情，上奏将其斩首。因此，刘基与李善长不和。

两个月以后，刘基病情加重，自知不久于人世，便请求回乡。朱元璋准许，亲自撰文赐给刘基，并派专人护送刘基返乡。刘基回家一个月之后，病重去世，享年六十五岁。

朱元璋到意外，说：“李善长三番五次想加害于你，你为什么还要替他说话呢？”

刘基虽然谨慎，但仍不能避祸。不久，胡惟庸当上了丞相，他仍然记着刘基说过对他不利的话，蓄意行报复。胡惟庸指使亲信诬告刘基，说刘基看好了一块墓地，扬言有王气，把百姓赶走，自己霸占下来。

刘基还对儿说：“为政之，要宽猛替，当务之急在于修养德行，减省刑罚。那些战略要地，与京城遥相呼应，应该特别注意提防。我本想写一份详细的奏章，提醒皇上，可胡惟庸当权，这样毫无用。有朝一日胡惟庸下台以后，你把我的话密奏皇上。”

刘基回归家乡以后，隐居山中，只是饮酒下棋，不与任何朝臣来往。当地的县令求见，被刘基拒绝。县令仰慕刘基，于是换上便衣，装成乡野之人去求见。刘基果然接见了他，但是，当得知他是县令之后，立即起避开，不与他谈。刘基是相当谨慎的。

公元1371年，刘基已经六十多岁了，想告老还乡，去过清静日。朱元璋同意了，但此后经常给刘基写信，咨询大事。刘基每次都详细回答，然后将草稿烧掉。

朱元璋见刘基说得真切，也有理，便问：“杨宪当丞相怎么样？”刘基与杨宪关系密切，朱元璋认为他一定会赞成的。

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广洋之后。在三十六名开国功臣当中，刘基是最后一名，俸禄最少，只有二百四十石，而汪广洋则有三百六十石。刘基不追求权力富贵，对此并不在乎。

在朱元璋的文臣当中，李善长的功劳最大，可他晚节不保，最后落了一个死族灭的悲惨下场。

刘基说：“我与李善长之间是私事，我向陛下建议的，是国事，两者不能混为一谈。”

朱元璋并没有听从刘基的意见，杨宪、汪广洋、胡惟庸三人先后都当了丞相，可是得并不好。

有人说，刘基是被朱元璋害死的，或者是默许胡惟庸下毒，应该不是真的。因为刘基死的时候，朱元璋还没有开始大杀功臣呢。更重要的是，刘基无职、无权、无势力、无野心，对皇权构不成任何威胁，朱元璋杀他什么？

不料，刘基却说：“杨宪虽然有才，但气量不够，当丞相不合适。”

后来，李善长因病免相，朱元璋想让刘基丞相。刘基极力推辞，说：“我太疾恶如仇了，又不耐烦理繁杂政务，当不了丞相，陛下还是另选他人吧。”

《明史》记载说，刘基去世之前，将《天文书》给儿刘琏，嘱咐他送给皇帝，算是他最后的贡献。

刘基在临死之前，还想着为朱元璋效力，可见他对朱元璋十分忠心。

不久，李善长犯了过错，朱元璋想责罚他。刘基却劝：“李善长功劳很大，威望很，而且能调和诸将，不能轻宜罚。”