后来，司越积蓄了大力量，带兵西去洛，打算夺取朝廷大权。司越觉得司睿可靠，任命他为平东将军，镇守后方。因此，司睿没有去洛，免去了刀兵之灾。

这表明，东晋政权从一开始建立，基础就是不牢固的，以至于后来叛不断，长期于风雨飘摇之中。

公元317年，在王导和王氏家族扶持下，司睿建立政权，史称东晋。当时，由于晋愍帝还活着，司睿称为晋王，第二年，晋愍帝死讯传来，司睿就正式登基称帝，被称为晋元帝。司睿让王导行使丞相职权，任命王敦为大将军。

轻，又无职权，因而没有参加初期的八王之。在动险恶的政治环境中，司睿采取恭俭退让的态度，注重结士人，获得名士嵇绍和不少文人的好评。特别是，司睿与琅邪人王导成了好朋友，王导日后对他帮助很大。

司睿逃回洛后，王导劝他说，洛是个危险的地方，不宜久留。于是，司睿就带着家眷，与王导一起，回到了他的封地琅邪。

在长期的皇族大混战中，司睿后来终于没能独善其，他的琅邪国与东海国相邻，于是，他倒向了东海王司越。

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公元316年，汉赵军队包围长安，晋愍帝投降，西晋王朝宣告灭亡。王导和堂兄王敦等人，抓住时机，周密谋划，准备在建康重建晋朝政权，拥立司睿为帝。

公元304年，八王之，司越率军讨伐司颖。二十九岁的司睿，被任命为左将军，随军征。结果，司越大败，逃回东海国，司睿却了俘虏。万幸的是，不久他就逃了回来。

司睿听从了，向朝廷谋取了镇江南的职位，渡江南下，去镇守建康。王导携带家族全人，也跟随迁居江南。琅邪王氏是大家族，在东晋初期发挥了重要作用。司睿是皇族中最早南迁的，等到后来皇族和中原百姓大批南迁的时候，司睿已经在江南站稳了脚跟。

公元307年，汉赵政权迅速崛起，成为西晋大敌，而西晋王朝仍然内斗不止，混不堪。王导意识到，西晋政权已经无药可救了，迟早会被灭掉，中原将要大，于是，他多次劝说司睿，抛弃前的利禄，到江南去避难。

司睿虽说是东晋开国皇帝，但能力一般，并无雄才大略，再加上声威不够，势单力薄，特别是，东晋政权实际上是由琅邪王氏策划建立的，琅邪王氏势力庞大，所以，司睿必然会大权旁落。在东晋建立初期，以王导、王敦为首的王氏家族控制了朝廷，形成了“王与，共天下”的局面。

公元311年，汉赵军队攻陷洛，俘虏了晋怀帝。中原局势动不安，中原百姓大批涌江南避，据史籍记载，人数比例达到十之六七。王导劝司睿乘机招揽人才，收买人心，以图大业。