公元402年，孙恩兵败自杀，起义军陷低，朝廷终于可以松一气了。当时掌权的，是司的儿司元显。司元显早就对桓玄十分不满，他年轻气盛，捺不住心中的忿恨，下令讨伐桓玄。

刘牢之心中不满，想要再反叛桓玄。不料，他手下的将领们说：“反叛是个耻辱的事情，可将军一叛王恭，二叛司，如今再叛桓玄，一生中三次反叛，如何立足于天地之间。”说完，将领们纷纷离他而去。刘牢之到愧疚无奈，心灰意冷，上吊自杀了。

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刘牢之一投降，司元显就玩完了，他连守城的兵力都组织不起来了，桓玄轻而易举地了建康城。桓玄城之后，逮捕了司和司元显，宣布他们的罪行，把他们杀掉。同时清除司在朝中和地方上的党羽亲信，杀了一大批。桓氏弟及亲信纷纷担任要职，桓玄自封为丞相，独揽大权，桓氏家族再次控制了朝廷。

桓玄大军乘胜前，建康。司元显恐慌，无奈只好打了王牌，命刘牢之率军御敌。刘牢之英勇无敌，几乎没打过败仗，是朝廷最后的救命稻草。可没有想到，刘牢之带领他锐的北府兵，也投降了桓玄。看来，桓玄事前的工作相当不错，此时大见成效。

桓玄十分忌惮刘牢之。刘牢之英勇善战，无人能敌，但却见利忘义，反复无常。桓玄对刘牢之不放心，夺了他的兵权，任命他为会稽太守，让其离开朝廷。

在那个封建时代，人们的正统观念是，晋安帝即便再傻，他当皇帝也是天经地义的；别人再贤能，如果篡位称帝，也是大逆不。所以，桓玄篡位，遭到许多人反对，也给刘裕势力崛起提供了一个难得的机会。

公元403年12月，桓玄废掉傻皇帝晋安帝，改国号为楚，自己登基当了皇帝。东晋一度灭亡了。

桓玄蓄势已久，准备充分，兵训练有素，一路攻关寨，锐不可挡。司元显急忙派心腹司尚之迎敌。司尚之很能打仗，曾经打败过孙恩的起义军，得司元显重。

公元401年，孙恩打着讨伐孙恩的名义，率军沿海攻京。桓玄上奏朝廷，要求兵勤王，抵御孙恩。朝廷却不敢答应，因为担心会现前门驱狼、后门虎的情况。情况的确如此，桓玄确实是想浑模鱼，并不怀好意。

桓玄闻讯大喜，他正愁找不到借攻打朝廷呢，这下好了，师有名了。桓玄发檄文，声讨司元显的罪恶，打着清君侧、诛臣的旗号，率军东下，直取建康。

搞得焦烂额，没有办法，不得已同意了，先安抚下他再说。朝廷担心，如果桓玄与孙恩联合起来，那就不得了了。

司尚之领命以后，率军排兵布阵，准备抵御桓玄。不料，桓玄大军到来之后，司尚之的大将杨秋，却突然阵前倒戈，致使朝廷军队大败溃散。看来，桓玄事前已经策反了杨秋。司尚之落荒而逃，后来被捕获杀害。