打响，牵制陈军主力，而贺若弼和韩擒虎两人分别率军，突破长江下游，然后分东西两路军，夹击南京。

公元589年1月，贺若弼趁长江上中游战斗激烈之时，不等杨广命令，趁着大雾，率先渡江，攻占了京，随即向西军，从东面攻击南京。韩擒虎随后接到杨广的命令，令他快速渡江，从西面向南京发动攻击。

韩擒虎早就好了渡江作战的一切准备，在接到命令的当天夜里，他就亲自率领五百锐士兵，偷偷渡过长江，来到采石城下。此时，夜人静，采石城中的守军，有的梦乡，有的喝醉了，韩擒虎不费灰之力，就占领了采石城，控制了长江渡。

杨广命另外一支军队，与韩擒虎会合，由韩擒虎统一指挥，使韩擒虎的兵力达到两万多人。韩擒虎率领大军，迅速向南京攻击前。此时，陈军主力正在南京以东与贺若弼战，南京以西的兵力相对薄弱。韩擒虎在江南威名远扬，陈军士兵都怕他，一战即溃，纷纷投降。韩擒虎一路攻关寨，所向披靡，很快抵达南京城下。

南京城内，一片惊慌，大臣们纷纷逃散。陈叔宝环顾四周，见边只剩下一个叫任忠的将领了。任忠曾经建议，集中兵力守卫南京，不要战，等待外地援军来救。可是，陈叔宝不听，命萧诃城迎战，结果兵败。此时，陈叔宝手足无措，只好向任忠歉，说：“不听公言，酿成大错。”说着，拿一箱金，送给任忠，恳请他领兵守城。

任忠知大势已去，无力回天，就城向韩擒虎投降了，并引导隋军攻破南门。韩擒虎亲自率领五百名敢死队，首先破城而。城中士兵想要抵抗，任忠大喝一声，说：“我都投降了，你们还想什么？”于是，南陈士兵纷纷放下了武。

韩擒虎顺利占领了南京，活捉了南陈皇帝陈叔宝，立下大功。等到贺若弼打败萧诃，来到南京时，城中只剩下打扫战场了。贺若弼很窝火，与韩擒虎争功不休。

杨得知攻占了南京，灭了南陈，十分兴，专门下诏说：“贺若弼和韩擒虎，两人都是谋大略，我委托他们经略江北，他们的，一切都与我想的一样。如今攻占南京，平定江南，主要靠他们二人的力量啊！”于是，两人都被封为上国，赏赐也都一样。

韩擒虎表示满意，上表谢恩。贺若弼却说：“我与陈国主力殊死作战，生俘敌帅，才灭了陈国。韩擒虎并没有与敌人恶战，只是趁虚了南京，捡了便宜，凭什么他的功劳与我一样大？”

韩擒虎反驳说：“你不听命令，擅自兵，致使将士伤亡惨重。皇上不追究你的罪过，就格外开恩了，你还谈什么功劳？”

杨赶打圆场，说他们两人都建立了特殊功勋，扬国威于万里之外，名声传遍天下，就不要再争执了。可是，在杨的心里，对贺若弼是不满意的，而对于韩擒虎，却一直恩礼很厚。

不久，突厥使者来朝拜，杨专门把韩擒虎召来，向突厥使者夸耀说：“这就是灭掉陈国、活捉陈叔宝的那个人。”而对于贺若弼，杨本没有提他一个字。

从此以后，韩擒虎一直受到皇帝的信任和。韩擒虎从不夸耀战功，慎言慎行，与文武大臣们都保持着良好关系，碑很好。韩擒虎五十五岁病逝，儿继承了他的爵位。

《隋书》记载说，韩擒虎在得病期间，他的邻居看见一大队人，摆着盛大的仪仗，来到他的府前。领居问他们来什么，他们回答说：“来迎接大王。”说完，忽然就不见了。