公元1359年8月，开封在守数月之后，终因内无粮草，外无援兵，被元军攻破城池。刘福通和韩林儿率军突围而，南逃江苏安丰。

元朝朝廷看刘福通是最大的威胁，集中全力对付他。元军调集重兵，将开封团团包围。这个时候，刘福通派的三路北伐大军或者已经失利，或者远在其他地区，无法回援，开封于危险之中。

刘福通在安丰休整，招集旧，逐渐又聚集了一些势力，但已经由盛转衰了。趁刘福通的红巾军与元军鏖战之机，其他地方的红巾军势力兴起，其中，朱元璋率领的红巾军逐渐盛。

红巾军的西路军，由李喜喜等人率领，攻破潼关，占领了陕州、商州等地。元朝不愿意丢掉关中这个战略要地，派来大批援兵，并且命李思齐率汉人武装前去支援。李思齐的汉人武装十分凶悍，与元军联合，在凤翔与红巾军展开决战。结果红巾军战败，李喜喜等人只好南下蜀地区，西路军失利了。

刘福通组织三路大军北伐，但缺乏周密的作战计划和统一协调，兵力分散，各自为战，又没有巩固的据地，致使北伐没有达到预期目的。在几年鏖战之中，红巾军主力遭受重大损失，形势开始发生了逆转。

北方的红巾军失败了，但南方的红巾军依然活跃，继续从事着反元斗争。

后来，朱元璋扫平群雄，在称帝前夕，派人用船接韩林儿去南京，途中船只沉没，韩林儿溺亡。至此，刘福通的红巾军消亡了。

燕，威震天下，达到了鼎盛时期。

公元1363年，张士诚突然派兵攻打安丰，刘福通势力尚未恢复，又猝不及防，打了败伤，刘福通不幸阵亡。朱元璋率领他的红巾军支援安丰，将韩林儿救，把他安置在滁州。

与此同时，一些不属于红巾军的起义队伍，也遍布全国各地。江苏人张士诚趁拉起了一支武装，势力不断扩大。不过，张士诚后来投降了元朝，反过来与红巾军为敌。

刘福通的红巾军持斗争十几年，足迹遍及大半个中国，历经大小战斗数百次，消灭了大量元军，给元朝统治者造成致命打击，对推翻元朝起了关键作用，其功绩永载史册。

红巾军的东路军，由贵率领，从山东直攻大都。东路军一路扫元军，抵达柳林，离大都不过百余里了。元朝皇帝惊恐万分，急令各路元军增援。在这关键时刻，贵被当地汉人武装赵均用所杀，东路军溃散了。

红巾军的中路军，越过太行山，攻破上党，向北军。不料，元朝已有防备，在闻喜一带设下埋伏。中路军遭到元军伏击，损失惨重。但中路军并不气馁，继续顽北上，最后攻占上都，烧毁了蒙元阙，然后转战于辽东一带。不过，中路军经过长途跋涉，连续作战，势力已衰，对元朝构不成大的威胁了。

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