受到刘玄正在与樊崇战对光武帝无可奈何。光武帝一边等着坐收渔翁之利，一边趁机攻城略地。他率军南下攻克了洛。

内战第二阶段——军阀混战因此爆发。

樊崇立了一个叫刘盆的孩为傀儡皇帝，宣布继承汉朝的江山。

公元25年，刘秀自立为帝，国号为汉。史称刘秀为光武帝。

拿下赤眉军，光武帝在中原已经没有了对手。虽然光武帝占领的地盘只是天下的三分之一，其他大分地方还在大大小小的军阀手里，但已不足为虑。

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汉军西过程中几乎没遇到抵抗，顺利杀关中。

和楚汉相争相比，如果把刘玄和樊崇比刘和项羽，那么刘秀就好比了齐王的韩信。

拥有“举足轻重”实力的韩信不肯背叛刘，是因为刘待他不薄。而刘玄人不厚，杀了刘秀的哥哥刘演。刘秀拥有了“举足轻重”的实力后，跟刘玄决裂，自立为帝。

刘秀看破刘玄的意图，没有半悲愤之，相反替哥哥向刘玄谢罪。刘玄没有借杀他，放他一。

当初绿林军讨论推举刘氏为帝时，一分人支持刘縯，一分人支持刘玄。支持刘玄的人先发制人拥立刘玄为帝。刘縯只能接受现实。

昔日繁华的大都市在赤眉军走后变为一片废墟。

赤眉军盗贼，军纪很差，占领一城劫掠一城。百姓痛恨他们。绿林军也不肯归顺。绿林军打算劫回刘玄，重树大旗。赤眉军得到消息杀死刘玄以绝后患。这下更加刺激了绿林军。绿林军视赤眉军为仇敌，与赤眉军展开激战。

玺。看着玉玺上面“受命于天,，既寿永昌”八个大字，刘玄乐不可支，认为自己就是天命所归、号令天下的天。他正式登基坐殿，宣布恢复汉朝。他住皇，“日夜饮宴后”，开始享受起帝王的幸福生活，把朝政全给岳父赵萌打理。

光武帝岂能允许他人染指汉室江山，立即督兵西与赤眉军争夺天下。

绿林军在赤眉军的攻击下爆发内。绿林军将领打算放弃关中回南方。刘玄不同意。绿林军将领便攻打皇，打算挟持刘玄，他就范。刘玄逃长安，在城外召集支持自己的军队准备反攻。他怀疑王匡是叛军的幕后主使，打算杀了他。王匡得到消息率军逃长安与叛军合。刘玄把前线队调回来反攻长安。经过一个月的激战，刘玄打败叛军，夺回长安。王匡带着叛军逃长安投降了赤眉军，然后又带着赤眉军杀回长安。有人打开城门放赤眉军。长安遂告失陷。刘玄只得投降赤眉军。

樊崇自立为王后开始跟更始帝争抢地盘。很快赤眉军和绿林军便爆发冲突。樊崇一不二不休，率领赤眉军三十万杀向关中，跟更始帝争夺天下。

光武帝在洛建都，正式建立政权。历史称光武帝刘秀的政权为东汉。

赤眉军在长安待不下去了，纵火焚烧长安后带着抢来的金银财宝逃回山东。

光武帝刘秀与更始帝刘玄分抗礼

长安城不但被兵火所毁，连坟墓都难逃厄运。赤眉军为筹措军费在洗劫长安后又挖坟掘墓。汉朝帝陵遭到毁坏。汉武帝的陵墓是帝陵中规模最大、葬品最多的陵墓。赤眉军挖开武帝陵后，搬了几十天才搬走里面随葬品的一半。汉武帝嘴里的玉珠也被他们抠去。他们挖开吕雉的墓，见吕雉的尸栩栩如生，在盗宝之后竟忍不住起尸的勾当。

光武帝指挥军队沿途截杀赤眉军。赤眉军的残兵败将在宜（河南洛宜县）被光武帝包围。樊崇走投无路投降了刘秀。刘盆将传国玉玺献给了光武帝。

昆之战后，刘縯、刘秀兄弟威名震天下。刘玄到自己的地位受到威胁，打算除去刘縯兄弟。他借刘縯的将抗命不遵，将其斩首。刘縯不服，跟刘玄理论。刘玄趁机将刘縯一起杀掉。

刘秀当时只是个中级将领，没有实力跟刘玄对抗，只能把怨恨埋在心底。等他成为割据一方的诸侯后，宣布跟刘玄决裂。