括跟倭寇有贸易来往的商人，一律通倭罪论。他在沿海地区实行保甲连坐制度，一人通倭，全家乃至全村遭殃。他严格执行禁海令，禁止百姓下海，见到两桅以上的大船便就地烧毁。

朱纨组建了一支舰队，倭寇的巢围剿倭寇，端了最大的走私贸易基地也是海盗聚集地的双屿港（在宁波外海）。

双屿港是在佛郎机（明朝对西班牙人和牙人的混称）控制下的黑市。倭寇和佛郎机在此易。

朱纨用木和石填了双屿港的港，使船只再也无法在此靠岸。

被赶走的佛郎机转而在濠镜（澳门）落脚，通过贿赂当地官员获得暂住权，后来竟然霸占了濠镜。这是后话暂且不提。

通过朱纨的一系列打击，沿海地区的倭患逐渐得到控制。

但是他铁腕禁海不仅断了倭寇的生路也断了沿海百姓的生路。倭寇恨他，沿海百姓也恨他，各地官员也纷纷投诉他。御史弹劾朱纨擅自杀戮，杀人如麻。朝廷下令将其免职、双规。

朱纨到委屈，喝药自杀。

随后几年没人愿意接替朱纨的工作，海防逐渐荒废。倭患了一个俯卧撑，再次抬。

大盗汪直将朱纨打散的倭寇收至麾下，成为东南沿海势力最大的海盗。

汪直本是徽商，手下有几百条船和上万人的武装。嘉靖禁海后，他把商团总迁往日本九洲，占岛为王，变倭寇。他因为实力最被倭寇奉为盟主。

他率领倭寇反攻大陆，烧杀抢掠，无恶不作。沿海地区很快又变成倭寇的天下。

嘉靖只好再次派兵剿匪。这次他指派的主帅是浙江巡抚胡宗宪。

胡宗宪手下有两员大将，俞大猷和戚继光，能征惯战。两人率军反击倭寇，打得倭寇节节败退，最终被赶下大海。

但是倭寇窜海上，随时还能上岸卷土重来。明军云集浙江，他们便北上江苏、山东。明军向江北集结，他们掉南下扰福建。明军防不胜防。

胡宗宪认为武力绞杀无法彻底平定倭患，必须剿抚并用。他派人招安汪直，许诺他恢复自由贸易。

汪直愿意被招安。他和单纯靠抢为生的海盗还是有区别的，甚至说是对。如果不是为了提防海盗抢他的商队，他也不必养着上万人的私人武装。他率领倭寇攻沿海，其目的之一也是为了“要挟官府，开港通市”。

汪直得到胡宗宪通商互市的承诺后，率领分手下前来投降。

但是汪直上岸到达杭州后遭到巡御史王本固的逮捕。