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多尔衮在命清军主力追击大顺军的同时，又令豪格率一支清军，兵山东。山东境内尚有分明朝军队，但战斗力很差，本不堪一击。明军残余队纷纷逃到了江南，投奔了南明政权。蒙格率军收复了山东，接着又向河南军，很快占领了河南地区。

与此同时，阿济格、吴三桂、尚可喜率领的北路军，从榆林一路南下，经延安、洛川，直扑西安。清军从东、北两路夹攻，势不可挡。这个时候，大顺军兵力损失了一多半，剩下不到五十万人了。李自成被迫放弃西安，经武关退湖北。这样，清朝就占据了整个北方地区。

北方战火纷飞，南方却暂时风平浪静。在南方，尚有不少明朝的军队，而且在南京建立了弘光政权，延续明朝国号，是南明政权之一。弘光政权皇帝是福王的儿，福王是被李自成杀死的。因此，弘光政权与清军和大顺军都有仇恨，乐得坐山观虎斗，静观双方拼得你死我活。

潼关是陕西的东大门，北临黄河，南踞山腰，地势险峻，易守难攻。在冷兵时代，单靠大刀长矛，是很难攻下潼关的。但是，如今清军有了红衣大炮，攻夺隘就容易多了。

李自成心急如焚，他知，潼关如果失，陕西门大开，西安肯定就保不住了。在危急时刻，李自成亲自率军增援潼关。可是，大顺军没有大炮，抵挡不住清军的猛烈炮火。双方激战十三天，潼关终于失守，大批清军涌陕西。

于是，多尔衮集结清军主力，兵分两路，对陕西发动了总攻。一路由他的哥哥阿济格为主将，带领吴三桂、尚可喜等，由大同向榆林兵，然后南下攻击西安；一路由他的弟弟多铎为主将，带领孔有德、耿仲明等，从河南向西攻击潼关。

到公元1644年年底，清军打着追剿起义军的旗号，已经占领了京津地区、河北、山西、山东、河南大片土地，北方只剩下李自成占领的陕西了。

镇守潼关的，是李自成的心腹大将刘芳亮。刘芳亮骁勇善战，有谋略，常常独挡一面。可是，面对清军大炮的猛烈轰击，刘芳亮一筹莫展。多铎是员悍将，他挥师猛攻，守关将士伤亡惨重，潼关危在旦夕。刘芳亮无奈，只得频频向李自成告急。

河南；姜瓖在大同孤立无援，只得投降。清军经过半年多战斗，又占领了山西。

后来，李自成在湖北通城九山遭到地主武装袭击，不幸牺牲。其余三十万人与南明政权合作，继续与清军战斗。关于李自成的下落，有许多传说。

可是，清朝占领北方以后，战火不可避免地会烧到南方，江南民众即将遭受蹂躏和苦难。