公元1697年，康熙皇帝第三次亲征噶尔丹。没有想到，清军发不久，还没有到达目的地，噶尔丹自己就死了，终年五十三岁。关于噶尔丹之死，有的史书说是病死的，有的则说，噶尔丹见大势已去，服毒自杀了。

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噶尔丹后来逃到了科布多，科布多在现在蒙古国的西。噶尔丹在那里招集残，积蓄力量，图谋再举。噶尔丹请求沙俄相助，可是，《尼布楚条约》已经签订，沙俄不敢公开支持噶尔丹，连原先答应提供的一批洋枪洋炮也不给了。噶尔丹无可奈何。

得拼死突围，向北逃窜。

康熙皇帝平定了噶尔丹叛，稳定了西北局势，维护了国家统一，有重要意义，也是他的一大功绩。

有的文学作品把噶尔丹写成了英俊青年，康熙皇帝把女儿嫁给了他，噶尔丹是康熙的女婿。这不是真的，噶尔丹比康熙还大十岁呢。

昭莫多一战，噶尔丹主力几乎被全歼，噶尔丹已经势孤力穷，不能对清朝构成威胁了。康熙皇帝要噶尔丹投降，噶尔丹却宁死不降，仍然幻想着东山再起。

公元1696年，康熙皇帝第二次亲征噶尔丹。康熙知蒙古骑兵机动，一旦不利就迅速逃窜，很难围歼，于是制定了三路兵围剿的计划。康熙亲率四万京师八旗兵为中路，从北向南攻；名将费扬古率五万人为西路，切断叛军西逃之路；将领萨布素率九千人为东路，防止噶尔丹东逃。康熙布下了天罗地网，决心将噶尔丹一举歼灭。

康熙皇帝南征北战，稳定了全国局势，然后，他就要稳定国内了，尤其要重安抚汉人。于是，康熙六次下江南。

当时，清军粮草不足，福全没敢追击，下令撤兵。康熙得知以后，很不满意，但已成事实，只得班师回朝。康熙第一次亲征，虽然没有消灭噶尔丹，但重创了叛军主力，大挫噶尔丹锐气，也算是不小的胜利。

噶尔丹不敢应战，带着家眷辎重向西逃跑。康熙挥军追杀，穷追不舍。喀尔喀民众也参加战斗。噶尔丹逃到昭莫多的时候，只剩下万余人了，而且人困乏。

不料，名将费扬古已经在西边设下了埋伏圈，噶尔丹正好落伏击圈中。清军大炮火铳一齐发，然后分四队骑兵反复冲杀。噶尔丹军队被斩首三千余人，几乎全军覆没，噶尔丹的妻阿努可敦也死于军之中。噶尔丹只带几十名骑兵杀重围，侥幸逃脱了命。

与此同时，康熙着第二次讨伐噶尔丹的准备。他把喀尔喀民众组织起来，编成三十七旗，备一些火炮火铳，提了战斗力。康熙准备了大批军用资，有充足的防寒防雨，光运粮大车就有六千多辆，甚至连过沼泽地铺路的树枝都准备好了。

噶尔丹逃到科布多以后，自认为有数百里大漠相隔，清军难以通过，康熙更不会冒险亲征，所以没有好御敌准备。当清军到来时，噶尔丹大惊失，急忙登遥望，只见清军队伍严整，刀枪耀目，旌旗蔽日，兵壮，皇帝又御驾亲征，顿时心惊胆战，斗志全无。