在康熙时期，政治比较宽松，吕留良的著作没有引起朝廷注意，因而吕家没有受到迫害。

于是，关于雍正之死，也成了清朝一大谜案。

雍正上台以后，加思想统治，大兴文字狱，吕留良的著作被翻了来，定为“逆书”、“反书”。吕留良被雍正钦定为“大逆不”，他的后人便遭受了无妄之灾。

吕留良和他的著作，确实有烈的反清思想，但那是几十年以前的事了，雍正与吕留良并不是同时代的人，有必要对他大动戈吗？即便吕留良对清朝有罪，但他的后人和亲戚学生何罪之有？

公元1683年，吕留良在愤世嫉俗中病逝，享年五十五岁。吕留良被称为明末清初杰学者、思想家、评论家。

吕留良一生持抗清思想，他留下了大量著作，其中很多是反清复明的内容。他的著作广泛传，影响很大。

吕留良大案，牵连人数之多、受刑之重，为清朝文字狱之首，暴了雍正的暴戾本。雍正在人们心中的形象不好，比不上康熙和乾隆，这与他为政暴有很大关系。

因此，吕留良大案在社会上引起轩然大波，人们全都愤愤不平。过了不久，民间广泛传吕留良的后人吕四娘，立志报仇雪恨，练就绝世武功，行刺，砍下了雍正的狗，大快人心。

吕留良与浙东著名学者黄宗羲、黄宗炎兄弟和宁波隐士斗魁等人结为朋友。黄宗羲是明末清初著名经学家、史学家、思想家，一生拒不仕清。吕留良与他们志同合，时常在一起探讨学问，抨击时政，表达对清朝的怨恨。

康熙时期，为了一步笼络汉族知识分，广泛招揽人才，令各地推举名人隐士，授予官职。浙江官员首推吕留良，吕留良却死活不肯清朝的官。官府不甘心，多次派人上门劝说，兼施。吕留良决不从，为了躲避官府纠缠，脆遁空门，上山当了和尚。

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写了很多文章，创作了大量诗歌，集成《厉耦耕诗》、《零星稿》和《真腊凝寒集》等。吕留良在文章诗歌中，表达了对明朝的怀念，对清朝的憎恨，抒发了反清复明情怀。

公元1732年，吕留良已经死了五十年，尸骨都腐朽了。雍正下令，将吕留良开棺戮尸。吕留良有七个儿，六个已死，也被开棺戮尸。剩下的一个儿吕毅中，年已甲，被判斩立决。吕留良家族的后代男孙，凡年满十六岁的皆被斩首，妇女儿童则被放。吕留良的亲戚、学生广受牵连，有的被杀，有的狱，有的被放，无一幸免。一时间血雨腥风，大批无辜者惨遭横祸。

吕留良家族后代六十多人遭到放，从江南长途跋涉发遣到北疆宁古塔，此后世代为，直到清朝灭亡。