，军政司之设，其司设立，凡军队调动作战，皆以该司发布为准，若有违反者，皆以谋逆论。”

军政司下属：

考功科——掌新练军营文武员弁升隆、调补、差委、定俸、奖、纪勋、拟赏银两、功牌暨各项册籍等事。

搜讨科——统辖所属各掌各省官兵总数暨军训、典礼、征募等事。

制度——分编拟军制，考订军规、军仪、军礼、军服，遇有军事筹计应增官弁所需战备各件，定名数目，移知军需拨发，并行军应行雇凭民间车房屋等事。凡学堂与本司关涉事件，亦归本经理。

步队——分各省军队步队数目暨关涉步队一切事务，并会议事件遇有战备筹计征募步队数目，事后分别遣散归续备，兼军乐队事务。

炮队——分各省炮队数目暨关涉会议征募分遣等事。

队——分各省队数目暨关涉会议，征募分遣等事，平时考查匹，临事筹计挑选，或租赁民，定喂养卫生各法，兼辎重队事务。

工队——分各省工队数目暨关涉会议征募分遣等事。

粮饷科——统辖所属各，掌会计，筹备军饷、军需、建造等事。

支发——分放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复各饷局报销兼会计学堂等事。

军需——分筹备粮草暨发官兵服用衣履各项杂件。

建造——分各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，发营队应用帐篷暨杂项等事。

医务科——掌拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。

军法科——掌拟定军律，考查各军执法审办案件并军狱办法，记过注册等事。

械科——掌考查得制造局筹备军械等事。

军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数，分别研习对战东，海贼，寇，山匪诸贼方略。

运筹科——掌筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分军队，救国调官弁兵丁暨各各国要探报，并拟办维和各文牍等事。

向导科——掌陆路、路、船、铁、电线，平时详细考查行军相度指划凡关涉兵路运事宜均归本科筹计。

测绘科——掌测绘地势，勘察各要害，沿海沿江各炮台暨修改中外舆图并刊印等事。

储材科——掌等学堂作养将领暨谋略人才，并撰译机密兵法战略等事。

军学司相比起军政司、军令司来，似乎简单了许多，但是仔细看来，事情更多：

编译科——理编撰典、兵法、战史暨翻译各国兵书、地志等事。

训练科——掌拟定各兵，画一法，考查各军兵是否合格，械是否适用，教练各法是否一律，并有无益暨步炮队各项战法、工辎队各项用法若程度，随时定分数，呈请分别惩办。