邵捷此时才意识到事情的严重，上书杨嗣昌请求他速速川。但他不知兵事，又在关键时刻犯了一个致命的错误，以为大昌前方浅地平，凭借手中兵力难以与农民军持久。便退到寨观音岩，而又没有调拨重兵把守。而是沿夜叉岩、三黄岭、磨岩等地一路共设下近二十所寨，每个寨都各派了三四百人把守。

周显虽万元吉蜀近两个月时间，一直随他左右，护持着他的安全。但实际上，大分时间都是待在后方，本没任何危险可言。天天听着万元吉对邵捷的抱怨，而形势也一步步的严峻了起来。

而杨嗣昌在得到万元吉来信之后，便知晓事情有变，连忙派贺人龙所率的陕兵和张应元所率的湖北兵先行前往蜀地。官军援兵到达之后，积极收复失地。张献忠率后撤，一路退到大昌城之外，与罗汝才会和。改变以往战术，不再集中兵力与官军拼。而是以一人与官军对峙，而另外的则分成若小队不断沿山间小路四击，以小胜求大胜。

贺人龙所率人先行前往蜀地，所携军粮不足，而在四川又得不到补充。最终引发军中哗变，向西而逃。而张应元所率的湖北兵在夔州附近也吃了败仗，无法在提供有效支援。官军兵力愈显不足，显劣势。

农民军集中兵力，再攻夔门。好在夔门雄峻，再加上官军及时布防，才导致这个天下第一雄关没有轻易失去。

后来，女将秦良玉得知邵捷如此署，心中亦是大惊。向绵州知州陆逊指这样不争山夺险，一味消极防守的弊端。陆逊这才急上书邵捷请求改变，看到自己倚重的大将也是如此看法。邵捷这才开始考虑，亲自移营到大昌城中，一些调整。而此时，已经是九月末了。

军前去，等待他到达之后，再聚而歼之的建策之后。邵捷不加片刻思考便加以拒绝，而且理由还很充分。他为一地巡抚，有保境安民之责，放弃隘，引贼的计策他万不会同意。

万元吉等人认为这样兵力分散，力量薄弱，相互之间也无法支援。而且关隘驻军都驻扎在关隘之内，无法探知贼兵动向，请求他重新署。但邵捷却固执其见，不愿改变。

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这次邵捷移营大昌，而万元吉也随之屯兵巫山，周显也如愿来到了前线。虽然当前态势不容乐观，但至少万元吉有了指挥一人的权利。一切似乎都向着好的方向发展。

后来万元吉多次苦劝，他却愈加决，决然派将军茂选和覃思岱关，分兵把守隘。但这两员将领彼此不和，覃思岱上谗言杀了茂选，并兼并了他的队。但茂选此人在军中威信甚，手下士卒对其十分忠心。在张献忠围攻隘之时，趁机作。农民军趁势猛攻，覃思岱被杀，隘尽失。