通过这次上疏，申时行彻底明白了神宗的心意，那就是立朱常洵为皇储。申时行既想讨好神宗皇帝，赞同他废长立少，又怕此举得罪公卿大臣。想来想去，他决定采取首鼠两端的策略，在神宗面前赞同废长立少;在群臣面前，则装作恪守礼法，反对废长立少。

徐阶满岁时，坠枯井中，救三日后才苏醒。五岁时，随父亲路过括苍山，从山岭上摔下去，衣服挂在树上而幸免于难，众人皆异之。徐阶考中探(士第三名)，被授以翰林院编修的职务。准许归乡娶妻，又丁父忧，服除后官复原职。徐阶为人短小白皙，言谈举止优雅。颖，有权略，而不轻易漏人言。徐阶跟随王守仁门人游，在士大夫间声誉颇佳。

然而，压政策未能使大臣们退缩，御史邹德泳再次上疏，指斥申时行首鼠两端。申时行见群臣激愤，担心大祸临，遂上疏辞官。神宗诏准，许他乘驿站的车归乡。而和他同为明代谋士的徐阶就有所不同了。

在翰林院时，内阁大学士张孚敬大权在握，嘉靖帝听从张孚敬的建议，想去掉孔的王号，同时想降低祭祀孔的标准。嘉靖帝让大臣商议这件事情，其他大臣由于惧怕张孚敬而不敢多说什么，只有徐阶决反对这样。张孚敬很生气地训斥他，徐阶据理抗争。张孚敬大怒，说:"你想背叛我。"而徐阶从容地说:"背叛生于依附。我没有依附你，何来背叛?"结果他被贬为延平府推官。在担任延平府推官期间，徐阶审理冤狱，把三百名无辜受害者放大牢，创乡社学，捣毁祠，捕获为害乡间的盗贼一百二十人。后来，升迁为黄州府同知，历官浙江察佥事、江西察副使，治理学政。

皇太阁，拜司经局洗兼翰林院侍讲。丁母忧归，服除后擢升国祭酒，历任礼右侍郎、吏右侍郎。在担任吏侍郎时，他一反吏官员接见庶官不多说话的常规，见到下面来的官吏总是仔细询问边腹要害﹑吏治民情，所以各级官吏都很愿意和他打，历任尚书熊浃、唐龙、周用都非常重他。他还知人善任，经过他推荐的官员大多是谨厚长者，包括宋景、张岳、王、欧德、范鏓等人。周用去世，闻渊接任。闻渊以长辈自居，独断专行，徐阶闷闷不乐，请求避，于是命兼翰林院学士，教习庶吉士。不久任掌院事，升为礼尚书。

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遂推内阁首辅申时行为首，联名上疏，请立朱常洛为皇储。神宗置之不理。

一些大臣见神宗不听劝谏，便把攻击的矛盾指向郑贵妃，颇多指斥。神宗见妃遭到贬斥，大为光火。申时行见状，献上一计:官员上疏言事，范围限定在自己的职掌内;不是职权范围的，不得妄言。各各院的奏疏，都先各各院长官，由他们审查，合乎规定的，才准上呈皇帝。神宗对此妙计大加称赞。从此，没人再敢指斥郑贵妃了。

嘉靖帝认为徐阶为官勤勉，又擅长写青词，于是召值无逸殿，与大学士张治、李本一起赏赐飞鱼服及上方珍馔、上尊无虚日。众官推荐徐阶担任吏尚书，嘉靖帝希望他留在边而拒绝了，加太太保。

但群臣建议尽快立朱常洛为皇储的呼声不断，申时行也装模作样地上疏劝谏了几次。神宗不能不有所表示了。万历十八年，他下诏说:"朕不喜鼓噪。诸臣的奏疏一概留中，是痛恨一些人离间朕父。如果你们不再鼓噪，就于后年册立。否则，等皇长十五岁以后再说。"申时行急忙戒告诸臣不要再鼓噪了。第二年，工主事张有德上疏，请订立册封仪式。神宗怒，诏令册立之事延期一年。内阁中也有疏上奏，请准备册立之事。当时，申时行适逢休假，主持内阁事务的许国于对申时行的尊敬，上疏署名，把他列在首位。申时行闻知，密上一疏，说:"臣正在度假，那奏疏实与臣无关。册立一事，圣意已定。张有德愚笨不谙大事，皇上自可决断册立之事，不要因一些小人鼓噪而影响大典。"这密疏很快便传了来，群臣们见申时行首鼠两端，大为气愤。给事中黄大效上疏，弹劾申时行表面上赞同群臣立朱常洛为皇储的建议，背地里却迎合皇上的心意，拖延册立一事，以邀皇恩。内阁中书黄正宾上疏，弹劾申时行排挤、陷害同僚。结果，黄大城、黄正宾两人被罢官。