明世宗读了海瑞的治安疏，十分愤怒，把治安疏扔在地上，对左右侍从说：快把他逮起来，不要让他跑掉。宦官黄锦在旁边说：这个人向来有愚名。听说他上疏之前，自己知冒犯该死，买了一个棺材，和妻诀别，仆们也四奔散没有留下来的，他自己是不会逃跑的。明世宗听了默默无言。过了一会又读海瑞的上疏，一天里

海瑞教育学生德和文章不可分割，主张读书人应该尊重自己的份，不该对上官随便下跪。他执教期间，有朝廷的御史到县学视察，其他教师都跪在地上地通报姓名，唯独海瑞长揖行礼，说：到御史所在的衙门当行属礼仪，这个学堂，是老师教育学生的地方，不应屈行礼。

鄢懋卿嘱咐巡盐御史袁淳治海瑞和慈溪县霍与瑕的罪。霍与瑕，是礼尚书霍韬的儿，也是坦率正直不谄媚鄢懋卿的人。当时，海瑞已提为嘉兴通判，因此事贬为兴国州判官，任职期间屡平冤假错案。嘉靖四十五年，吏尚书陆光祖主张文官选举，于是海瑞被选为云南司主事。

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之后，海瑞参加乡试，写了一篇治黎策，在这篇策论中，海瑞正对海南黎患不绝的现状，提开通十字路，设县所城池，中峙参将府兵备的见解。此年，海瑞得中举人。嘉靖二十九年，海瑞上京城参加会试。在此期间，海瑞向中央朝廷上平黎策，再次重申了他的治黎策略。这一建议并没有引起朝廷的重视。这次会试海瑞落榜了。嘉靖三十三年，两次会试都没考中的海瑞决定放弃科举考试，同年闰三月，海南承宣布政使司指派海瑞到福建延平府南平县当教谕。

嘉靖四十一年，海瑞被任命为淳安知县，看到这里富豪享三四百亩之产，而无分厘之税，贫者无一粒之收，虚百十亩税差的不均之事，决定重新清丈土地，规定赋税负担。这样，淳安农民的负担有所减轻，不少逃亡民又回到故乡。

严嵩的党羽、都御史鄢懋卿巡两浙、两淮盐政，一路上威风凛凛，到贪污勒索，利用职权收受贿赂。巡查路过淳安县，酒饭供应的十分简陋，海瑞声宣言县衙狭小不能容纳众多的车。鄢懋卿十分气愤，然而他早就听说过海瑞的名字，只得收敛威风而离开。

淳安县的案件很多，海瑞明断疑难案件，得民心。海瑞生活节俭，他穿布袍、吃粮糙米，让老仆人菜自给。浙江总督胡宗宪曾告诉别人说：昨天听说海县令为老母祝寿，才买了二斤啊。胡宗宪的儿路过淳安县，向驿吏发怒，把驿吏倒挂起来。海瑞说：过去胡总督考察巡视各门，命令所路过的地方不要供应太铺张。现在这个人行装丰盛，一定不是胡公的儿。打开胡公的袋，有金数千两，海瑞把金没收到县库中，派人乘报告胡宗宪，胡宗宪因此没有把海瑞治罪。

明世宗朱厚熜晚年，不在朝堂理政务，居西苑，专心设坛求福。总督、巡抚等边关大吏争着向皇帝贡献有祥瑞征兆的品，礼官总是上表致贺。朝廷大臣自杨最、杨爵获罪以后，没有人敢说时政。

反复读了多次，到叹息，只得把治安疏留在中数月。曾说：这个人可与比相比，但朕不是商纣王。嘉靖四十五年秋季，明世宗生病，心情郁闷，召来内阁首辅徐阶议论禅让帝位给皇太的事，世宗说：海瑞所说的都对。朕已经病了很长时间，怎能临朝听政。又说：朕确实不自谨，导致多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？遂逮捕海瑞关诏狱，追究主使的人。狱词送上后，仍然留在中不发布。有个司务叫何以尚的，揣皇帝没有杀死海瑞的心意，上书陈请将海瑞释放。明世宗大怒，命锦衣卫杖责何以尚一百大，关诏狱，昼夜用刑审问。徐阶力救海瑞，有阁臣主张对海瑞以绞刑，被徐阶和刑尚书黄光升压了下来。

嘉靖四十五年二月一日，海瑞在棺材铺里买好了棺材，并且将自己的家人托付给了一个朋友。然后向明世宗呈上治安疏，，批评世宗迷信巫术，生活奢华，不理朝政等弊端。

仁学说盛行的时期，王学的要除了主要方面是唯心主义以外，还有提倡知行合一、理论和行动一致的积极方面。王明还提倡立诚，反对伪君式的乡愿作风。这些对海瑞日后的为人产生了很大影响。