在断案技巧上，海瑞不能明察秋毫，料事如神。对于那些疑案，他不是慎重调查，而是"与其冤屈兄长，宁愿冤屈弟弟；与其冤屈叔伯，宁愿冤屈侄；与其冤屈贫民，宁愿冤屈富民；与其冤屈愚直，宁愿冤屈刁顽"。在争产业的案件中，"与其冤屈小民，宁愿冤屈乡宦"；在争言貌的案件中，"与其冤屈乡宦，宁愿冤屈小民"。

福建晋江潘湖，黄光升的府邸拜见黄光升，以谢当年营救保护之恩。万历元年，张居正主持国政，也不喜海瑞，命令巡御史考察海瑞。御史到山中审察，海瑞杀菜招待御史，房屋居舍冷清简陋，御史叹息而去。张居正惧怕海瑞严峻刚直，中外官员多次推荐，最终也不任用。万历十二年冬天，张居正去世之后，吏拟用海瑞为左通政，明神宗朱翊钧向来重海瑞的名望，于次年正月召海瑞为南京右佥都御史。赴任途中，改为南京吏右侍郎。海瑞当时已经七十二岁了，上疏言衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，列举明太祖朱元璋刑法，剥人装上草制成，以及定律枉法达八十贯判绞刑的规定，说应当用这样的方法惩治贪污。其它谋划时政，言语极为切实。只有劝皇帝用暴刑法，当时评议认为是错误的。御史梅鹍祚弹劾海瑞。明神宗虽然认为海瑞言论有过失，然而清楚海瑞的忠诚，为此免去梅鹍祚的俸禄。

万历十四年，海瑞听闻黄光升去世，悲伤至极，带病前去晋江奔丧。万历十五年十月十四日，海瑞病故于南京任上。他没有儿，所以去世后，佥都御史王用汲去主持海瑞的丧事，看见海瑞住用葛布制成的帏帐和破烂的竹，有些是连贫寒的文人也不愿使用的，因而禁不住为之悲泣不已，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传，南京的百姓因此罢市。海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着白衣着白帽的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞太太保，谥号忠介。照当时官场的风气，新官到任，旧友升，总会有人来送些礼品礼金，以示祝贺。这些礼品礼金只要数额不大，也是人之常情。然而海瑞公开贴告示说"今日了朝廷官，便与家居之私不同"。然后把别人送的礼品一一退还，连老朋友贺泰、舒大猷远送来的礼也不例外。至于公家的便宜，更是一分也不占。海瑞临终前，兵送来的柴金多算了七钱银，他也要算清了退回去。

明神宗屡次要重用海瑞，主持国事的阁臣暗中阻止，于是任命海瑞为南京右都御史。海瑞上任后，力主严惩贪官污吏，禁止循私受贿。诸司向来苟且怠慢，海瑞力行，矫正弊端。有的御史偶尔戏乐，海瑞要明太祖法规给予杖刑。百官恐惧不安，都怕受其苦。提学御史房寰恐怕被举发纠正要先告状，给事中钟宇淳又从中怂恿，房寰再次上疏诽谤诬蔑海瑞。海瑞也多次上疏请求退休，明神宗下诏留不允许。

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