祈佑涟生还"。当时，在知府李行志、知县夏之彦等的倡议下，"四门设柜，捐俸首倡。士民好义者，倾家乐助。更属僧，遍化吴楚申浙诸省"。但最终只筹集了一万余两。六月二十八日，杨涟被下镇抚司诏狱审讯。许显纯将锦衣卫的诸多酷刑一一用于杨涟，折磨得他遍鳞伤，气息奄奄。后来提审时杨涟被折磨得无法坐、立，许显纯便让打手给杨涟带上桎梏，拖他到堂上躺在地下受审。杨涟仍不屈服，在狱中写下绝笔，继续陈述"移案"的真相，痛斥魏忠贤紊朝纲。魏忠贤得知后气得七窍生烟，令许显纯立即杀掉杨涟。七月庚申夜里，许显纯令缇骑在狱中死杨涟，此贼先后以"土压，铁钉贯耳"等手段加害杨涟，但杨涟并未亡。天启五年农历七月二十四日，许显纯以一枚大铁钉钉杨涟，终将其害死，时年五十四岁。临刑前，杨涟咬破手指，写下血书一封。称"以命归之朝廷，不图妻一环泣耳!"写完仰天大笑。

杨涟此疏，字字句句，如雷霆万钧，击中魏忠贤的要害。魏忠贤闻疏后惊恐万状，慌忙跑到朱由校面前哭诉其冤，并利用朱由校不识字的缘故，削减罪状。得朱由校真假难辨，好坏不分，反而温言抚魏忠贤，"严旨切责"杨涟。

六月，杨涟被逮押送北京，沿途群众闻讯，皆为杨涟鸣不平。他们自动夹哭送，所过村市，"悉焚香建醮，

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自此以后，魏忠贤对杨涟恨之骨。同年十月，魏忠贤矫旨责杨涟"大不敬"、"无人臣礼"。将杨涟革职为民。

杨涟任礼科都给事中，旋即升任太常少卿。，朱由校拜杨涟为左佥都御史。又升为左副都御史。

然而，这位在杨涟等正直朝臣舍命扶持下才得以登基的朱由校，并没有像东林党所希望的那样革除弊政，相反却是变本加厉，更加荒奢靡、昏庸无能。宦官魏忠贤和朱由校的母客氏相勾结，在中独揽大权，肆意为。一些官吏纷纷投靠魏忠贤，结成"阉党"，打击和排斥东林党人。杨涟怀着满腔的悲愤，决心而，讨伐魏忠贤。

同年六月一日，杨涟将写好的奏疏藏在怀里，准备趁早朝时面奏朱由校，当场揭魏忠贤。不巧当日免朝，杨涟"恐再宿机"，只好会极门转呈朱由校。杨涟在奏疏中列举了魏忠贤的二十四条罪状，揭他迫害先帝旧臣、预朝政，死后贤妃，纵东厂滥施威等罪行，最后指魏忠贤专权的恶果是"致掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下;都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下"。请求朱由校"大奋雷霆，集文武勋戚，敕刑严讯，以正国法"。

挤走了杨涟，魏忠贤仍不肯善罢休，必置之死地而后快。天启五年，魏忠贤指使"阉党"大理丞徐大化弹劾杨涟、左光斗"党同伐异，招权纳贿"，借兴"汪文言之狱"谋害杨涟等人。锦衣卫北镇抚司指挥许显纯在魏忠贤的授意下对汪文言严刑供，要他诬陷杨涟受贿。汪文言宁死不屈，仰天大呼:"世岂有贪赃杨大洪哉。"许显纯无计可施，只好自己造供状，诬陷杨涟、左光斗曾受辽东经略熊廷弼贿赂二万两。魏忠贤立即遣锦衣卫缇骑前去逮捕杨涟等人来京审讯。

崇祯元年，杨涟之杨之易、杨之赋向朝廷鸣冤，杨涟冤案得以平反。明毅宗朱由检"追录死阉忠臣"，以杨涟为首，追赠他为太太保、兵尚书，谥号"忠烈"，赐祭葬，并任命他的一个儿为官。清顺治六年，杨涟遗骨归葬应山。

涟仍不肯服从，继续抗辩:"选侍托保护之名，图专擅之实，必不可不移。"在杨涟等的持下，朱由校只好下旨遣李选侍即日移。李选侍接旨，知败局已定，只好哭哭啼啼地迁乾清。次日，朱由校正式登基，即明熹宗。

从朱常洛驾崩到朱由校登基，前后不过六日。杨涟为辅佐太顺利登基呕心沥血，几乎是夜夜不寝。史书上称在六天内"涟须发尽白，帝亦数称忠臣"。不久后，杨涟升任兵科都给事中。当时御史冯三元等极力诋毁熊廷弼，杨涟公正疏陈此事。不久后，他弹劾兵尚书黄嘉善八大罪，黄嘉善遭罢免。