致支持王、方意见，请奏朱载垕加封把汉那吉为指挥使，并"厚其服供用"，以诚相待，结得其心，朱载垕准旨。接着拱又命边臣让把汉那吉穿锦衣、坐华车、骑好，前呼后拥在街市行走。俺答得晓明廷厚待其孙，受动，遂决意与明朝和好，请封贡之事。此议一起，朝廷上下有如鼎沸，反对派援引宋朝讲和之例，力言不可。拱先利用考察科之机，将极力反对与俺答汗结好的叶梦熊"降二级，调外任"，以息异议。他又发内阁旧藏明成祖封瓦剌、鞑靼诸王故事，拣发兵，力主封俺答汗为王，这将蒙古与中原看成一个整的观念，比仅图边安的想法又一筹。拱批评反对派:"你们这些人喋喋不休，难是国家筹划轻重厉害吗?徒念重大，恐有不效，留为后言耳!"遂无敢复言者。同年，贵州抚臣告土官安国亨叛，请剿。拱不轻信是言，经察查，知"国亨非叛，而巡抚者轻听谗言以幸功也"，便专派员前去安抚释嫌，避免了一场兵戎相加。

拱在南方两广、云贵边事上亦颇多建树。隆庆初，广西古田壮族人韦银豹等据寨反明，有司多次往抚剿，均不效。拱再起，荐殷正茂为总督往剿。正茂任法严、善战，但贪。拱说:"吾捐百万金予正茂，纵乾没者半，然事可立办"。其实，他在用正茂的同时，已着于提擢、培养本省人才，在两广郡县中"多除制科，宽其荐额，勿拘成数"，引导民风向上。不久，果然"民乐业而向化矣"。时人都以拱为善用人。

负气凌人，"迫急，不能容，又不能藏蓄需忍，有所忤之立碎。每张目怒视，恶声继之，即左右皆为之辟易"，很是专横跋扈，这是他的另一面。正是这一面，造成了他与同僚的仇隙不合，以致招来议，酿成了以后被逐的悲剧。

拱励图治，不数年内，政绩卓然，自是一面。但他以才略自许，

俺答封贡事既成，拱犹居安思危，担心边方兵将因无事而疏怠偷安，再坏边备。他一向主张"不恃人之不吾犯，恃我不可犯;不恃人之不吾欺，恃我不可欺"，调自。于是再上疏，"请每岁特遣才望大臣四阅视，以今视昔，钱谷赢几何，兵增几何，械整几何，其他屯田盐法以及诸事拓广几何"，明白开报，若比往昔有所增益，则与过去战时擒斩同功论赏;如果只保持以往平，则罪如失机论。"朱载垕赞赏这些意见并采纳，兵遂一一制定措施行之。以后的几十年中，西北边境始终安定，无大扰，此亦拱一大政。

隆庆五年三月，明廷封俺答汗为顺义王，其他各首领也分别封为都督指挥、千、百等有差。八月，明廷又准与俺答互市。时陕西三边总督以该边不同宣、大，不通贡互市。拱拟旨切责。不久陕西三边也开贡市。几个月之间，边陲晏然，没有一个蒙古人侵扰，边境百姓丢掉戈矛而拿起锄耕作，关城熄灭烽火可以安枕，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各近二百年兵戈相加的局面。在满朝争议的情况下，穆宗能如此迅速、圆满地解决这一先朝遗患，与拱等的着力赞襄是分不开的。在议贡过程中，主通贡互市的总督王崇古曾以人言求去，拱知后，一面在朝廷力称崇古议，一面抱病修书崇古:"惟公安心畅意，始终此事，不必更怀忧虑"，使崇古受到极大鼓励和宽。方逢时因封贡事曾面会俺答下人，遭人弹劾，说他"辄通寇使，屏人语，导之东行，嫁祸邻镇"。拱力斥其谬，"抚臣临机设策，何可也"，保护了方逢时，使他免受贬谪。朱载垕以其"殚忠远谋，劳绩可嘉"，拱少师兼太太师、尚书，改建极殿大学士。

先是在隆庆四年七月，曾也是裕府旧僚的大学士陈以勤，因与拱有小嫌，又见拱在内阁不可一世，恐终不为所容，便激勇退，引疾罢去。不久，掌都察院大学士赵贞吉因拱挟私憾考科，上疏请止。拱不悦，与之相倾，嗾使门生、给事中韩楫劾赵贞吉庸横。赵贞吉也抗章劾拱。朱载垕眷拱竟令赵贞吉致仕。赵贞吉曾因拱以内阁掌吏，权如真宰相，请李芳谋与掌都察院，以遏拱全力，李芳答应了。赵贞吉离开后，李芳自不安，李芳又曾因徐阶事与有隙，遂于隆庆五年五月乞休归田。

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