张居正:"今少师中玄公，相肃皇及今天有年矣。……虏从庚以来，岁为边患，一旦震惧于天之威灵，执我叛人，款关求贡。中外相顾骇愕，莫敢发。公独决策，纳其贡献，许为外臣，虏遂悦，益远徙，不敢盗边。所省大司农刍粟以钜万计。曹、沛、徐、淮间，数苦河决。公建请遣使者视胶莱河渠，修复海运故，又更置督漕诸吏，申饬法令。会河亦安，舳舻衔尾而至，国储用足。是时方内乂安，四夷向风，天下歙然称治平矣。""公虚怀夷气，开诚布公。有所举措，不我贤愚，一因其人;有所可否，不我是非，一准于理;有所彰瘅，不我憎，一裁于法;有所罢行，不我张弛，一因于时。……为相国，兼总铨务，二年于兹。其所察举汰黜，不啻数百千人矣。然皆询之师言，协于公议。即贤耶，虽仇必举，亦不以其尝有德于己焉，而嫌于酬之也;即不肖耶，虽亲必斥，亦不以其尝有恶于己，而嫌于恶之也。少有差池，改不旋踵;一言当心，应若响答。盖公向之所言无一不售者，公信可谓平格之臣已!"

居正指使神宗"大伴"已是司礼太监冯保在皇贵妃李氏和陈皇后面前将拱曾在内阁说过的一句话"十岁太，如何治天下!"改为"十岁孩，如何作人主。"宣称拱谋拥立藩王，皇贵妃和陈皇后大惊。六月十六日早朝，"召内阁、五府、六众至"，切责拱擅权无君。到会极门，太监王榛捧旨宣读:"今有大学士拱专权擅政，把朝廷威福都夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为?我母三人惊惧不宁。拱著回籍闲住，不许停留!"拱听旨后，"面如死灰"，"汗陡下如雨，伏不能起"，从后赶来的张居正将他扶起。冯保又造王大臣事件，置拱于死地。幸赖吏尚书杨博、御史葛守礼等力救，张居正"贻书相安，乃止。"拱得免于难。

在"义"和"利"的问题上，认为"苟乎义，则利皆义也;苟乎利，则义皆利"，只要摆正义和利的关系，言利也不是不好，痛斥了"君不言利"的迂腐观。他还认为正因前人没有把握住这关系，才造成"经制之略置之不讲"，善理财者不闻，祸国殃民。他自己十分重视理财，重视有关国计民生的政务，主张务实。他的学术思想正是他行使政务、取得政绩的思想源。

拱不囿于先儒成说，以为"其不能得者亦不可从"。直斥程朱理学"远人情以为天理";他很赞同同时代思想家王廷相的观，认为理在事，无其事即无其理。他对"权"字更有一独到的见解，把"权"与"经"比作秤上的"锤"和"衡"，两者关系是"盖经乃有定之权，权乃无定之经，无定也，而以求其定，其定乃为正也"。即:权和经是对立的统一，凡事皆有经，其事实行时应认真权一下，使权与经得以统一。

朱翊钧:"锐志匡时，宏才赞理。当畿之再，肩大任而不挠。位重多危，功取忌。谋近拙，实许国之忠;遗俗似迂，雅抱殿之略。幕画得羌胡之要领，箸筹边之机宜。化椎结为冠裳，柔犬羊于帖服。利同魏绛杜猾夏之忧，策比仲淹握御戎之胜算。在昔允资定力，于今想肤功。"拱博大详，渊宏邃密，经纶伟业，社稷名臣。……慷慨有为，公忠任事。迨殚内宁之略，益宏外御之勋。岭表滇南，氛净长蛇封豕;东夷西虏，烟消堠鹭乌。洵称纬武经文，不愧帝臣王佐。"

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万历五年，张居正回故乡湖北江陵葬父，路过拱的故里，专程探望拱，两人相见掩面而泣，慨不已。临终前拱写了四卷，记述张居正勾结冯保夺首辅之位的经过，将张居正描述为险刻毒的人，大骂张居正"又师婆又鬼，笛打鼓琵琶"。

朱载垕:"且值国家多事之时，先为社稷万年之计。乃通海运，乃饬边防，乃定滇南，乃平岭表。制降西虏，坐令稽颡以称藩;威挞东夷，屡致投戈而授首。盖有不世之略，乃可建不世之勋;然必非常之人，斯可济非常之事。"

万历六年=七月二日，拱在新郑家中去世，葬于县城北郊今阁老坟村。万历七年，以"某担当受降，北虏称臣，功不可泯"，赠复