嘉靖七年，朱厚熜重定议礼诸臣之罪，杨廷和被定为罪魁。朱厚熜降敕称杨廷和"为罪之魁，以定策国老自居，门生天视朕"，将其削职为民。嘉靖八年六月二十一日，杨廷和病故于新都，享年七十一岁，以平民礼下葬。

杨廷和过去曾屡次上书请求退休，后来就更加决了。又因为兴献帝称考不称考一事与朱厚熜的主张不一致，奏章中不平之气。嘉靖三年正月，朱厚熜听任他离去。批评他因为言语的不同错怪君上，不合大臣的理。不过仍然赐他加盖玉玺的书券，照常例供给他车、钱粮、护卫人员，重申以前荫封一锦衣卫指挥使的任命。给事中、御史请求挽留杨廷和，朱厚熜都不予答复。杨廷和离开后，才开始讨论称孝宗为皇伯考。此时，杨廷和的儿、翰林修撰杨慎率领众大臣爬在左顺门外哭争，被打了一顿大杖，贬往云南。过后王奇诬蔑杨廷和和他的二儿、兵主事杨惇，女婿、修撰金承勋，同乡、侍读叶桂章与彭泽的弟弟彭冲相互勾结、请托，他们全被抓诏狱中，经审讯没有据，才被释放。

朱厚熜很喜请僧、设斋坛祈祷。杨廷和极力劝说，引用梁武帝、宋徽宗的事例来论说。朱厚熜优旨采纳。当时江南欠收，宦官又请求派人到那里督办织造。工及给事中、御史提谏劝，朱厚熜不听，促内阁为此起草命令。杨廷和等人不接受命令，并且极力说江南百姓贫困，财富枯竭，请不要派遣宦官前去。朱厚熜这下得更急，并告诫杨廷和不要执拗、扰这件事。杨廷和竭力争辩说:"我们几个人同满朝大臣、谏官说的话陛下不听，却愿意听二三个邪佞的话，陛下能跟这二三个小人一起治理祖宗打下的天下吗?况且陛下以为织造是历朝的旧例，不知洪武以来哪有这旧例，只不过创始于成化、弘治年间罢了。宪宗、孝宗护人民、节约财用的好政策不少，陛下不去采用，偏偏仿效这不好的措施，这是为什么?陛下即位的诏书，把宦官侥幸的门路堵得差不多没有了，天下人正在传诵陛下的德，现在忽然现此事，怎么能向天下人取信呢?"他而请追究拟写圣旨的是什么人，怀疑有人假借御批的名义偷偷地推行他的个人主张。朱厚熜为此歉说自己不仔细，让他们告诫所派宦官不要放肆便好。这件事最终还是没能制止。

等到九月份，兴献王妃到了京城，朱厚熜亲自确定仪式，由中门城，访问祖庙，又再次说明想尊称兴献帝、后为皇帝、皇后。杨廷和说:"汉宣帝继承汉昭帝即位后，加史皇孙、王夫人谥号为悼考、悼后;光武帝往上承继汉元帝的统绪，鹿、南顿君以上立庙于章陵，都没有追加尊号。现在如果追加兴献王、母妃的尊号为皇帝、皇后，与孝庙、慈寿并列，就是忘记了先皇帝而看重亲生父母，采用私人间的情而放弃国家的大义。我们这些大臣对此无法推卸责任。"就此自请罢免官职。大臣谏诤的有一百多人。朱厚熜迫不得已，于是在嘉靖元年下诏，称孝宗为皇考、慈寿皇太后为圣母，兴献帝、后为本生父母，不称为皇帝、皇后。

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伯父母或叔父母。不仅丧服等次要降格，称号也应有不同。臣不敢阿谀奉承，顺着圣旨办。"又密封归还了朱厚熜的手诏。朝臣们也都持原先的决议，朱厚熜就是不听。

很多年后，朱厚熜问当时的大学士李时太仓里积蓄有多少，李时回答说:"可以支付几年。这是由于陛下初年即位诏书裁减多余人员换来的。"朱厚熜慨地说:"这是杨廷和的功劳，是不能抹杀的啊。"

在这段时间里，杨廷和先后四次把朱厚熜的亲笔批示密封退回，持自己的意见，上了近三十篇奏章，朱厚熜常常愤愤不平。他边的亲近人因而得以批评说杨廷和放肆，失掉臣的礼仪。谏官史、曹嘉于是互劾奏朱厚熜的罪过。朱厚熜为此将史、曹嘉稍作贬谪，以稳住杨廷和，但是心中已对他不再像之前敬重。不久后，评定辅立新君的功绩，朱厚熜封杨廷和与蒋冕、纪为伯爵，每年俸禄一千石，杨廷和决谢绝。朱厚熜改为荫封其家世袭锦衣卫指挥使，又推辞不受。朱厚熜认为封赏太轻，改加为荫封四品京官世袭，杨廷和又推辞。适逢复职满了四年，就破例加封他为太傅，他又四次辞让，才算作罢。朱厚熜还特地颁发诰敕对他予以表彰，并在礼为他赐酒宴一次，九卿都参加作陪。