过天星、混天星的起义军从徽等地经凤翔将通向澄城时，孙传指挥其分五路合击该起义军于杨家岭、黄龙山一带，捕杀二千余人，又在(鄜)州(今陕西富县)以西、合以东的方圆三、四百里的沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的忠、光玉所率领的宛、洛之后，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。此时明军情势大好，但因清军在此时攻长城，崇祯帝急调洪承畴与孙传回京防御，李自成便得多尔衮、岳托率清兵分路从墙岭(今密云东北)、青山(长城，明京师戒严;督各路京勤王之兵的总督卢象升在鹿阵亡。明廷遂召孙传、洪承畴主持京师防守，升孙传为兵右待郎兼右佥都御史，指挥各路援军。孙传抵达京郊后，由于他和主和派的杨嗣昌及中官起潜矛盾颇，崇祯帝降旨不准他京朝见，而洪承畴则在京郊受到劳，并奉旨殿拜见崇祯帝。孙传对此不平待遇自然大为不满。杨嗣昌任洪承畴为蓟辽总督，并主张将陕西军全留下，用于守卫蓟辽。孙传对此极力反对，认为"秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。"杨嗣昌对孙传的意见置之不理，孙传对此不胜忧郁重重，以致耳聋。

“此人颇有谋略，可惜不在召唤范围内啊。”刘辩无奈。

请缨任陕西巡抚，负责剿灭农民军。孙传在榆林建军，号为秦军。此时洪承畴正与李自成战于陕北，卢象升调任宣大总督后，民军首领闯王迎祥自湖广复，来到陕西，自汉中攻西安。孙传领秦军镇守，迎祥无法攻克，遂意图自午谷，直西安。孙传料之，在午谷的黑峪以逸待劳，激战四天后，迎祥溃败，后被俘，送往北京死，而其外甥李自成继任闯王。

忠等再渡西折陕，袭商州、洛南、蓝田等地。孙传率与各路明军以优势兵力接连打击了起义军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等，才使关中以南地区趋于平定。

朝廷调孙传总督保定、山东、河南军务，孙传立即上疏请见皇帝，但因杨嗣昌的百般阻挠而未成。孙传心中愠怒，引病告休。但杨嗣昌仍不放过，言孙传称病乃推托之举。崇祯帝大怒，将孙传贬为平民后，又将其禁囚，以待判决。

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而又如孙传吗，孙传一表人才，多有谋略，万历四十七年中士，初授永城知县。天启初年北京任职，为吏验封主事，再升至稽勋郎中，两年后因不满魏忠贤专政，弃官回乡。

崇祯十三年，李自成移军河南，时河南大饥，史载:饥民"惟恐自成不至"，"从自成者数万"。在孙传下狱的三年期间，熊文灿、杨嗣昌在镇压起义军的战争中连遭败绩，闯王李自成在河南打开了局面，拥兵数十万。

压倒骆驼的最后稻草，使本已重病在的杨嗣昌惊忧加而死。他去世后，崇祯帝亲撰祭文，追赠太太傅，并哀叹:"自杨嗣昌殁，无复有能督师平贼者。"虽然他也下令追究杨嗣昌使二藩沦陷的责任，但最终以"议功"之例免罪。针对攻击杨嗣昌的上疏，崇祯帝也一概留中。他把六九卿、科等官召内，宣布:"杨嗣昌系朕简用，用兵不效，朕自鉴裁;况尚有才可取。"接着他训斥上疏的臣工是"大家排斥，意沽名。本该重治，尔等又说朕庇嗣昌，姑饶这一遭。"杨昌以辅臣之礼葬于龙县，两年后张献忠破武陵，扒开杨嗣昌的坟墓并烧其灵柩，后来其孙移葬其于桃源县金厂溪月宏山下。