民军带来很大损失，他报告说:民军的老营在唐县，锐队在襄城，地方上任职的文武官员屯聚在宝丰。孙传据这个情报采取了有针对的行动，首先攻破宝丰，斩伪州牧陈可新等，然后挥师唐县，将安置在那里的民军家属斩杀贻尽。九月十四日，官军和民军主力在郏县行激战，民军战败逃跑，官军追不舍，果毅将军谢君友被俘杀，李自成本人也差被擒。后来民军逃襄城，官军也尾随而至。面对危局，一些民军将士产生的投降的念。这时大雨整整下了七天，城外舍的官军苦不堪言，由于路泥泞，官军的粮车难以移动，官军的后勤现问题。官军希望破郏县获取给养，但是郏县早己坐吃山空，破城后只得到一些骡，很快就被士兵们分殆尽。这时李自成派大将刘宗率一万名骑兵从小路抄到官军后方，切断官军的粮，为了麻痹官军，李自成用大牌写下战书，约定日期同官军决战，以此牵拌官军。

孙传在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队2.4万，田地二万余项，后来田地都归属于豪门，兵丁只是虚设在名册上。孙传接这里后，经过治理，得士卒1.1万，年收税计银14.5万两，米麦1.35万石。

士兵们有雨淋没饭吃，情绪开始浮燥起来，孙传无奈之下，只好决定回师迎粮，他命令河南总兵陈永福留守军营，自己统率嫡系陕西官军分路回师打通粮。陈永福下士兵看到陕西官军走了，自己却被留下来忍饥挨饿充当替死鬼，都愤愤不平，也都跟在陕西官军后面撤退，陈永福无法控制局面，官军队伍大，民军乘机发起攻，官军全线崩溃。官军逃到南才缓过神来，调迎战民军，双方展开大战。民军战阵共有五重，第一重是饥民，第二重是步兵，第三重是骑兵，第四重是锐骑兵，第五重是家属。

朝廷命孙传兼督河南、四川军务，随后升为兵尚书，改称督师，加督山西、湖广、贵州及江南、北军务，兵侍郎张凤翔言孙传所有皆天兵良将，皇上只有此一付家当，不可轻动。崇祯帝不从。孙传不仓促战，可是在朝廷的下，传不得已在八月亲率白广恩、杰等10万人师潼关，同时檄左良玉西上，总兵陈永福、秦翼明分别将河南与四川兵互为犄角。九月，孙传在汝州兵败，李自成一日内追杀四百里地，直撵孟津，明军四万余人战死，损失大量兵辎重。

官军攻破了民军前三重战阵，与第四重战阵的骑相持不下，鏖战中，白广恩火车营招架不住，率先溃败。火车营的溃败引发连锁反应，骑兵也招架不住逃跑，战场形势瞬间发生变，由双方互相厮杀变为一方追杀另一方。民军倾巢而，穷追不舍，一日一夜追杀四百余里，官军死亡四万余人，损失兵辎重数十万。此役，大明仅有的一副家当损失殆尽，成了待宰的羔羊，民军的战略问题也迎刃而解，扩大战果，乘势夺取关中。

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郏县战役和松锦大战一样，都是决定明朝命运的战略决战，在这两场战役中，明军并非没有机会，但是由于原因，最终归于失败。

为尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵尚书杨嗣昌的四正六隅的全面围剿方略(又称十面埋伏，并为完成此计划增兵12万，加派军饷银280万两。但是，孙传对此持有异议。他认为:因军兵屡战，多经溃乏受挫之苦，况且连年征战，民力疲竭，此举未必能收到预期效果。由于孙传料知他的计划不会被采纳，便着手清私产，得银两4.8万，并招兵买，自办围剿所需的人力及资财。当明廷汇集各上报的招兵募的数额时，唯独孙传的奏疏未送到。素与孙传有隙的杨嗣昌于是乘机发难，抱怨朝廷的军法在陕西竟行不通。孙传对此上疏申辩:让我像其他抚，登记郡县民兵的上，于是对及额，就我先前所报屯兵已满额了。何况还有招募练步军，数目超过一万，怎么会不遵守建议。到了一百天的时间，商、洛的讯问保持，我都不敢把。然而让敌人商、洛，但我不能抵御，则治臣的罪。如果我住商、洛，而逾期不能够消灭寇贼，事情就一定不是我的错。

十月初，李自成攻克潼关，总兵白广恩、陈永福投降李自成。李自成以十万军围攻孙传，孙传向渭南撤退，十月初三，孙传战死，时年51岁。崇祯却认为他诈死潜逃，没有给予赠荫。