明熹宗恼了，于是在天启五年八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说熊廷弼家产值百万两银，应该没收了充作军费。魏忠贤便矫诏命令严加追赃，熊廷弼家全资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向熊廷弼的儿勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。熊廷弼的长熊兆珪自杀亡，熊兆珪的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知这件事的人无不叹息、愤恨。崇祯元年(1628年)，明思宗下诏书停止追赃。那年秋天，工主事徐尔一上书诉说熊廷弼的冤屈，说:"当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都由化贞理。廷弼只有五千名援辽队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，固守吗?廷弼的罪在哪里呢?我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣!"明思宗不同意。崇祯二五月，大学士韩爌等上书说:"廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，据国法是从来没有过的。"明思宗颁发诏书允许熊廷弼的儿拿他的首级回去安葬，谥号襄愍。

王化贞到惭愧，建议驻守宁远和前屯。熊廷弼说:"已经晚了。现在只有保护老百姓关去!"于是把自己所领的五千人由王化贞来殿后，把全积蓄都放火烧了。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民得关来，王化贞、、胡嘉栋也先后关，只有佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。

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了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大，人各奔逃，参政佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊:"事情危险了，请你快走!"王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他来骑逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说:"六万军队就可以把敌人一举平，到来怎么样呢?"

魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应旸，说他和廷弼的儿监狱内外，谋叵测。魏忠贤越发想尽早杀掉熊廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿集市上刊印的《辽东传》向明熹宗诬陷廷弼说:"这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。"