八月初，秀保自觉天下已定，为避免重蹈德川幕府覆辙，决定加中央集权，先后颁布《一城一国令》、《王土奉还令》和《推恩令》，史称“永宁三令”，准备逐渐削弱地方大名权力，实现中央集权；

九月十五日，后成天皇病逝，秀保举荐原丰臣秀吉养、后成之弟八条智仁亲王为天皇，是为后尾天皇；

十月十三日，不满秀保政策的山形藩主最上义亲（兄弟矛盾尖锐）、仙台藩主伊达政宗（嗣众多）以及佐土原藩主岛津忠恒（两者皆有）等十余家大名联合抵制，并动员领内军备不惜与秀保一战，史称“丁巳之”；石田三成奔走劝告，甚至丰臣秀赖亦没有太大缓和；秀保对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，另一方面利诱大名家中的支持者（如庶长和兄弟等），从内分化反对势力；

十月二十八日，最上义亲三弟清义清于米泽城起兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜领兵呼应；伊达政宗庶也于当夜刺杀伊达政宗于仙台本，伊达家陷混；

十一月三日，最上义亲兵败自杀，秀保以清义清为最上氏家督，继承山形十五万石，仍称山形藩，四弟山野边义忠继承米泽周边十二万石，是为米泽藩，庄内、由利等领地纳天领，秀保派专人理；

十一月五日，伊达政宗次打开仙台城门，迎接蒲生、宇都军城，照《推恩令》及《王土奉还令》，秀保将仙台藩六十八万石分成五份，其中天领二十万石，政宗四瓜分剩余四十八万石；

十一月中，反对大名相继被害或投降，十余藩被肢解至四十藩，仅剩岛津忠恒不愿投降；

十一月二十日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城迎接丰臣军；秀保将佐土原藩肢解为三家，并没收西大隅为天领，“丁巳之”平息。

永宁二年（1618年）

四月中，努尔哈赤以“七大恨”起兵，率军两万攻打抚顺城，后金大胜，连下东州﹑单﹑抚顺三城，俘获人畜三十余万；

七月中，努尔哈赤又亲领大军从鸦鹘关明，攻破了清河城，副总兵邹储贤所明军被歼；

七月二十一，岛津义弘病逝，其领地被纳为天领；

八月初，秀保得知明军惨败，派遣长河内光国及藤堂虎往赴北京，提醒万历帝万不可轻视女真，万历帝是才慨秀保之忠，听从秀保建议，加边防，关闭榷场，避免重蹈覆辙，同时决定召集明军、女真叶赫及日本任那驻军共计十二万攻打后金都城赫图阿拉；与此同时，秀保动员军士两万，准备于图们登陆，百里奔袭，从背后偷袭赫图阿拉；

永宁三年（1619年）

二月中，由于秀保战前之建议，联军步步为营，刘也未如历史上那般贪功冒，而是效仿努尔哈赤“任尔几路来，我只一路去”的战略方针，采取碾压堡垒式作战方案，逐步向赫图阿拉靠拢；与此同时，岛清兴从图们登陆，与背后袭扰后金军，使得努尔哈赤首尾不得兼顾，伤亡惨重；

三月初一，明军复克抚顺、清河；岛清兴于东州击杀皇太极；

三月初四，明军完成对赫图阿拉包围；