如势力较的叶赫、窝集、乌济叶特首领，分别被授予坊州、东宁、泰宁土知府，划归开元承宣布政使司辖；黄台吉被授予建州宣使，归辽宁承宣布政使司辖（后因意图谋反被杀，建州被并抚顺府）。

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黄台吉因助剿有功，被封为建州左卫指挥使、右都督，但被要求将众迁往铁岭边墙北侧一平原居住并收缴武，便于明廷监控。不少重臣、众因不甘臣服而四散，其手下众仅剩千余人，已无法对明朝造成威胁。

当然，对于东北复杂的形势，明廷并未制推府县制“一刀切”，而是对女真、蒙古中势诸实行土官制代替卫所制，在满足其独立的同时，逐渐减少其军事和战斗力。

对于察哈尔、土默特、科尔沁等独立较的势力，明廷则先是杀儆猴，对早先与努尔哈赤结盟的科尔沁发动攻击，其残余亲明朝势力首领被授予崇义公、辽西宣使。对于土默特，仍册封其首领（即俺答汗后裔）为顺义王，准设市。

其他族也据势力大小授予土同知、土通判、土知县等职务，这些土官的势力范围与各直属府县犬牙错，并设榷场于其间，互相牵制又相互依存，从制度上稳定了东北的局势。

州县制的基础是大量的人，为此，明廷任命左光斗负责屯田事务，鼓励军民屯垦，将南方良稻引北方，招募南方农民到北方传授稻植技术，大大促了关外农业发展。山西、陕西、山东等地的农民先后迁往东北，提了人比例，带动了当地族改变生产方式，由传统的渔猎转向农耕，维护了社会稳定。

万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡系的察哈尔，在其首领呼图克图汗（孛儿只斤·林丹图尔）率领下劫掠土默特，明廷令其退兵不得，遂组织联军左右夹击察哈尔。

夺取辽河河后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈府；

此后十数年，明廷在辽东逐步推行府县制代替卫所制，先后设置辽、沈、广宁、铁岭、抚顺、通化、建州、黄龙、敦化、福山等府县。

于海西、野人女真，内喀尔喀五设开元承宣布政使司（源自元辽行省开元路），布政使司衙门驻黄龙府；

经过连年激战，最终于万历四十七年（1619年）攻破其王城察罕浩特，呼图克图汗本想逃漠北，却为科尔沁所阻，无奈投降，自去汗号，献传国玉玺（后经证为伪）。

明廷册封其为归义王，位居顺义王之下，废察罕浩特，令其迁居广宁，众被编为二卫八所，纳大宁都司（后改为大宁承宣布政使司）辖，名义上仍属归义王麾下，实则由明廷任命亲明族首领担任指挥使。次年七月，为土默特仇家刺杀于广宁归义王府外，年仅二十八岁，无嗣，顺义王爵位废除。

于北山女真、苦兀、乞列迷等族聚集地重设儿都司，泰昌年间改设黑承宣布政使司（源自唐朝黑都督府），布政使司衙门驻永宁府。