都推动了远征继续行。正如当时的一位观察者所说，所有人“就像毒蛇被咒迷住一样”。在其他人的无声压力下，多里亚和雷克森斯也投票主张积极行动。

“并不是所有人都心甘情愿地同意作战，但都因为畏惧耻辱而被迫了这样的选择，”萨伏依舰队的司令官在他的日记里如此写。

分歧无不在，包括副司令多里亚仍然记着腓力二世的御旨，希望能够避免作战。会议决定，抵达科孚岛后再确定最终的目标。现在还有时间来阻止寻求战的冲动，但舰队在墨西拿以东继续前，使得堂胡安亲王的决策越来越难推翻。大军群情激昂。

可靠的情报是至关重要的。堂胡安派遣耳他骑士希尔·德·安德拉达率领4艘快速帆船作为前驱和侦察队，搜集情报。三天后，安德拉达带回了令人担忧的消息：土耳其人攻了科孚岛，然后又返回了普雷韦扎。

大家都很担心，奥斯曼舰队或许正在分散，准备过冬。那天夜里，整个舰队的全官兵扫视着夜空和黑暗的大海，目睹了一个天现象，士气大振。一颗极其耀的星划过夜空，爆炸分裂为三团烈火，拖长长的轨迹。大家认为这是个吉兆。

但是随后天气恶劣起来；一连几天，舰队在暴风骤雨中艰难行，风雨遮蔽了海平线，令舰船举步维艰。不过好在安德拉达的情报是正确的：土耳其舰队在一场极其成功的战役后撤了亚得里亚海。骄傲的土耳其人占领了一些重要的堡垒，夺得大批战利品。

土耳其人在科孚岛劫掠了十一天，但在神圣联盟离开墨西拿的时候撤退了，转向南方，前往位于位于科林斯湾的勒班陀基地，在那里观察战局，并等待伊斯坦布尔的命令。到9月27日，基督教舰队已经在科孚岛港下锚。现在是最后决断的时候了。

寻找敌人战，还是暂停行动。威尼斯人看到他们的科孚岛的惨状，心情更加沉。奥斯曼帝国陆军的某些队因为不能攻克敌人的要，又为漫长的作战而恼火，行了放纵的施暴，并亵渎破坏了基督教神龛，这让意大利人的圣战情涨起来。10月初，神圣联盟舰队抵达了希腊海岸的伊古迈尼察。堂胡安对舰队作了最后一次检阅和调整。

事后证明，正是这次调整，改变了战争的结局。堂胡安照从大明学来的海军编制，将所有的舰队重新编组，并行了确的调动。每名船长都完全掌握了作战计划。堂胡安在舰队中穿过，仔细地查看舰船的状况。他经过的时候，士兵们鸣枪敬礼。10月6日黄昏时，天气转晴。当晚天气非常晴好。

“上帝给了我们晴朗的天空和平静的大海，在季天气最好时也不曾有过这样的天空和大海，”基督徒们回忆。

第二天，即10月7日（星期天）的凌晨2，他们的舰队正驶向帕特雷湾。在勒班陀港内，船锚的铁链被叮当作响地收起；奥斯曼帝国战船一艘艘地穿过海湾，离开了岸基大炮的保护。凌晨五半，两只庞大的舰队遭遇，一场前所未有的大海战在帕特雷湾爆发……

10月19日，帕特雷湾大海战的捷报传遍了整个欧洲。钟声敲响，篝火燃，教堂举行了礼拜仪式。大街上，陌生人之间也互相拥抱。商店店主们在门上贴了“为庆祝土耳其人之死而歇业”的告示，停业了一周。当局打开了债务人监狱的大门，释放因欠债而坐牢的人，并允许人们狂节面，尽这并不是狂节的季节。