，朝廷由王导执政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导恶。339年后王导与庾亮先後去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。

北伐与夺权

在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不。但是东晋建立后，依然行了多次的北伐。

东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方[5]。317年祖逖意图北伐，晋元帝给予充分支持，不仅从库存数千匹布帛中取三千匹支援，晋元帝命祖逖相机收复中原。他招募民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次和司飏兵合祖逖，并与当地坞堡合作，最後成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。但由于东晋发生内，朝廷於321年派渊为征西将军，都督各军守寿，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。王敦因为祖逖去世而不必顾虑遂叛变。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。由于晋朝内矛盾，失地得而复失。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世後，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司勋等多次北伐。

346年晋穆帝时，桓温、周抚、司无忌、穆之、袁乔等讨伐成汉（成汉于338年为李寿篡位，改国号为汉），次年讨灭。349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次破坏北伐，在褚裒北伐失败后引军东下武昌与殷浩争权。晋廷不许，改以殷浩、司勋、谢尚负责北伐。352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭，殷浩被桓温弹劾罢免。354年桓温伐前秦，但由于苻健采清野战术，桓温又态度消极不，最後晋军缺粮而撤退。356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并攻占洛，修谒皇陵。358年桓温不顾朝廷要求其驻守经营洛，仅留穆之三千人守洛，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝（即司奕）相继为帝之后，桓温已经控制兵权。当时北方呈现前秦前燕代凉割据的局势，洛为前燕占领。桓温为了准备专权，於369年讨伐前燕。当时燕军大败，晋军驻枋（今河南浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最後晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。371年桓温废晋帝司奕为东海王，改立司昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求「九锡」，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋暂时中止了北伐。

淝危机

淝之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军。

370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄，朱序守，於隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域後，苻的目标指向东晋。隔年5月桓冲率10万军，意图夺回襄，苻派苻睿、慕容垂等人防御。8月苻认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大[6]。他亲率步兵60万抵达项城，派苻为先锋率27万兵攻打寿，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援。

383年10月秦军前锋攻陷寿後，苻赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽洩秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝。12月谢玄向苻建议後退决战[7]。诸秦将认为阻敌淝畔比较安全，但苻认为半渡而击可主动对决。当秦军後移时，晋军渡突击，朱序于後军大喊秦军已败。此时秦军大，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻战死，苻中箭，孤北返，後由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，於东晋历史上意义非凡，史称淝之战。