称帝

司为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝之战后谢安谢玄被司排挤，最后相继去世，朝廷逐渐混，北府军后由王恭等人统率。桓冲去世後，桓家後来由桓玄领导。390年晋孝武帝对司不满，遂内以王珣、王雅廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司也引王国宝及王绪抗衡，朋党起。396年晋孝武帝被贵人张氏杀，太继立，为晋安帝。398年王恭和庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之後司听从司尚之建议，任王愉江州刺史为外援。次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司命其司元显为都督同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知後退至寻，由桓玄任盟主，最後双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、其下杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，并其辖地。

司元显担忧北府军不可靠，徵江东豪族佃民以建立新军，称为「乐属」。这却使「东土嚣然」，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之。孙恩世奉五斗米，五斗米大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族[9]及五斗米纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，又被刘裕击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫卢循领导。

402年司元显为免桓玄乘偷袭，抢先西征，任刘牢之为先锋，司尚之为后。桓玄也率军东下，大破司尚之，刘牢之认为司元显无用而倒戈，引桓军建康。桓玄控制朝廷，诛杀异己，先后杀司元显与，夺取刘牢之兵权，诛戮分北府将领，提北府将领刘裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最後豪奢纵，政令无常，渐失人心。403年桓玄篡位称帝，建国桓楚。司遵与璩等起兵拥晋后，刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而後桓玄又率军东下，被刘毅击败。最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。桓振、桓谦又挟晋安帝反抗，直到405年肃清桓氏势力，何无忌得以迎晋安帝复位，也掌控了朝廷。

刘裕篡晋

刘裕掌控朝廷，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵。412年刘裕抢先讨伐之，刘毅兵败自杀。谯蜀为东晋叛将谯纵所建。在405年时，益州刺史璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，便推谯纵为主叛晋。随後攻陷成都，杀死璩，谯纵也自号成都王。408年晋廷派刘敬宜率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻占成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡。

卢循为孙恩继承人，桓玄为安抚之任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占广州，隔年晋廷为安抚而命他为广州刺史。410年卢循趁刘裕北伐南燕之机，与其夫徐覆分二路北伐，合溃刘毅於桑洛州（今江西九江市），乘势攻京师建康，史称卢偱之。此时刘裕已赶回，卢循和徐覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻。10月徐覆攻江陵，为守将刘规所败。12月卢循败於晋军，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐覆。卢循最後於州被州刺史杜慧度歼灭，投自杀，至此事平定。

刘裕消灭若异己後，为了名正言顺称帝，先後发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡侵，409年刘裕率军伐南燕。於次年攻破南燕都城广固（今山东青州市），擒杀慕容超，南燕亡。而後因卢循叛，刘裕回师。後秦因为屡遭夏主赫连侵，国势大衰，幼主姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐，连克许昌、洛。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最後攻破长安，後秦亡。但於该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命其幼刘义真同王镇恶、沈田等诸将防守长安，後来诸将内哄，夏主赫连率军攻击。417年冬刘裕命刘义真等将领率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至此北伐结束。关中失守後，刘裕开始积极谋取帝位。同年刘裕杀晋安帝，立其弟德文，为晋恭帝。420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝，东晋至此灭亡。439年北魏统一华北後，至此南北朝时期。

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