(光绪十四年，戊)三十九岁康有为上书变法，朝廷保守派大哗，将逮康，先生劝其作沉迷金石态韬晦，康博览群碑，著成《广艺舟双楫》。康甚惮先生，一日说大话，先生云“再读十年书来与吾谈书法可耳。”康愧而退。

次岁任总理各国事务衙门俄国章京。日本那珂通博土慕名来华求教西北地理诸事，先生以中原音切蒙古音教之而去。先生兼治诸邻国地理，考订唐宋航海路线，同时研究宋儒及佛大典。以中和教康有为，纠正气质之偏，言其受质冬夏气多秋气少，康答信逊谢。

一八九一年(光绪十七年，辛卯)四十二岁，冬，迁员外郎。

次任江苏司郎中。二月叔父卒于穗。

一八九四年(光绪二十年，甲午)四十五岁。给事中上书抨击康有为，请焚毁《新学伪经考》，皇帝同意。先生营救无效。甲午海战中国败，先生忧愤广。好友李慈铭殁，痛哭。

一八九五年，(光绪二十一年，乙未)四十六岁，上书请求允许他个人向英人借款修铁，为权臣所阻未果。

次年，俄皇尼古拉二世谋办黑龙江渔业航务，先生怒斥俄大使。八月二十九日母丧，大哀重病一年，久治不愈，自开方立治，因侍母疾日久，故通医书。袁世凯召先生去小站委以重任，谢绝。十月。德军侵胶州湾。康有为来吊，先生涕告康可上万言书求变法。

次岁奉母灵柩南归安葬。皇帝将重用康有为，先生赠《唐顺宗实录》，请康一阅，忧康改革过激生变。康读毕默然。五月应张之聘主持两湖书院。提治学必实用，于人心世利弊当探本清源。

一八九九年(光绪二十五年，己亥)五十岁，返家合葬父母于祖茔。回武昌时遇盗，失书籍碑帖数十。居武昌株园，与陈石遗唱和，评议古诗。

一九00年(光绪二十六年，庚)五十一岁，八国联军侵，先生携家眷在上海，本拟京，见时局如斯，乃奔走南京，见两江总督刘坤一，赴武昌晤张之、总办商约大臣盛宣怀等，商定联合行动，使联军有顾忌，牵制侵略者。七月敌兵都，九月李鸿章来沪见先生说：“倘某不京，恐亦不免如袁秋遇杀之祸矣!”先生大病一场。

次年至南京为刘坤一拟奏稿，提：设议局，开书馆，兴学堂，广课吏，设外，讲武学，删则例，整科举，设警察等十事。“务财训农，通商惠工，敬教劝学。授方任能。”前八字为用，后八字为。张之召见，共议新政，仍返扬州。不久任南洋公学监督。

一九0二年(光绪二十八年，壬寅)五十三岁，辞南洋公学职回京刑效力，前后十八年。住上斜街。调外务合和会司员外郎。

次年任江西广信府知府。至南昌，巡抚柯逢时召见，共议全省大计。时土不愿读书，先生引孟语“上无礼，下无学，贼民兴，丧无日矣!”

一九0六年(光绪三十二年，丙午)五十七岁，天主教徒王安之打伤南昌知县江召棠，民愤起报复，误伤法、基督教牧师，法、两国闻讯，兵舰开鄱湖示威。巡抚胡鼎臣要杀百姓数人向法、乞和，先生以为不可滥杀百姓，持谈判，法、气焰收敛。四月任安徽提学使，赴日本考察，日人请教者甚多。归皖，设存古学堂，请陈抑斋外国校教学法，取各校材生聚集一堂施教。与安庆名土其昶、姚仲实、姚永慨、方纶叔博土、胡季庵、徐铁华论文赋诗。十二月升布政使，推行湖北、江苏新法，减轻租税负担。建天阁并作联语：“楼阁华严，乘大悲愿；江山中夜，嗟太平人!”有挂笏亭，幽静可读书，名官斋为“曼陀罗室”。