自从东晋建立以来，朝廷的纲纪松弛紊，权贵之门互相兼并，老百姓离失所，不能保持自己的产业。刘裕掌握朝政以后，大力宣传规章制度，施行土断，禁止兼并。会稽余姚的世族虞亮藐视国法，藏匿逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪，再也不敢像以前一样胡作非为。在这以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符实，刘裕于是上表申明从前的规定，严整法纪，对地方选上来的人才专门行考试，如有不实，一律严查，保证官员的选公正，唯才是举。义熙十年，刘裕上表减轻徭役，让民休养生息。以前，山湖川泽都被豪士族所夺取，百姓打柴、采摘、打鱼、垂钓，都要迫税，刘裕上表下令一律禁绝，免征，还山于民，还地于民。当时人们的居住很不统一，刘裕上表制定了条例，于是都依划分的土地为准，施行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在划分的范围。各个民聚集的郡县，有许多行了合并。

义熙九年，晋军成功灭谯蜀，蜀地区再南方版图。刘裕加授羽葆、鼓及班剑二十人。刘裕灭蜀后，下令简各地劳役，让人民得到休息。

余屯彭模，依两岸建城垒作防御。

在义熙八年刘裕征讨刘毅时，晋宗室司休之占据荆州。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵，又是建康门，对中央形成大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的雄心。义熙十年，司休之之司文思在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶。后司文思谋杀刘裕，被刘裕发觉，刘裕将司文思给司休之，让他置，实质就是要司休之将其死。然而，司休之并没有杀司文思，只是上表废除其谯王爵位，并写信向刘裕歉。这举动令刘裕对其大不满，立刻就命江州刺史孟怀玉戒备。义熙十一年，刘裕收杀司休之在建康的次司文宝及侄儿司文祖，并兵讨伐司休之，自加黄钺，领荆州刺史。司休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自不被刘裕所容，故与司休之联结，合兵反击刘裕。刘裕前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死，刘裕大怒。然而当他到时，鲁轨及司文思率军在悬岸峭上列阵，令刘裕难以登岸，刘裕与将胡藩率兵冒险攀登，司文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸攻，终击溃司休之的军队。四月，刘裕击败司休之军四万人，攻克江陵，直捣襄，荆、扬二州尽被刘裕吞并，司休之及鲁宗之北投后秦。

“此人之能力，不再李靖，刘伯温等人之下。”刘辩想着。

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早在义熙元年，仇池国氐王杨盛趁谯纵叛晋之机，发兵占据了无主的汉中。后遭后秦攻击，仇池又以地请降后秦。义熙三年四月，仇池趁后秦西面战事受挫，便又统兵占据了汉中。义熙九年，刘裕征蜀时，就图谋收复汉中。当刘裕的西征大军攻占益州，灭掉西蜀政权后，便趁胜击汉中反攻仇池守军，仇池一溃千里，被迫撤汉中，献上降表，向刘裕称臣。