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至于原来的那些府、院、寺、司等机构，将会逐一化各之中，比如与礼相关的机构有宗人府、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、行人司、国监、钦天监、太医院、教坊司、僧录司、录司等，其中像宗人府、太常寺和光禄寺归为内务，而鸿胪寺、四夷馆以及行人司归为外，国监和钦天监归为教育，太医院则是归为卫生。

与此同时，原先明制的都察院是被保留了下来，将原先复汉军的监察院改为了都察院，设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，以及行省划分的十三监察御史，在品级方面行了调整，御史的品级将会行上调，负责监察中央各官署，纠举百司之官中的弊政，以及各地的提学、巡盐、茶、巡漕、监军、屯田，仅对内阁负责，不对行政院汇报。

至于地方上的军方事，则是设立了总兵官，受到与五军都督府和枢密院双重领导，其中日常的一应训练和兵源都是由五军都督府辖制，而枢密院则是负责战时指挥和战略调动等，以便于对地方军队能够更好的理。

在这些以外，更为要的是与兵相关的机构，彻底被划分到了枢密院，其中分设总参谋、总后勤、总装备和军科，负责全军指挥。当然对于这么一个要的门，自然也就是权衡的，那就是由五军都督府来负责掌军队，平时没有调兵权力，必须有皇帝的兵符和总参的命令，才能行调动。

至于地方上的行政机构，宁渝并没有照搬明清制度，而是将其彻底行了改变，因此所谓的巡抚早就失去了原本的意义，而是重新恢复了布政使司一职位，主一省民政与财政大权。至于原先的察司则是直接隶属于大理寺监，仅仅主一省司法之权，至于监督一则由都察院御史来负责。

当然对于该省内的日常军务，则由该省总兵官连同省枢密院会同解决，省枢密院将会定期赴中央枢密院行汇报与人员换，基本上可以说是将地方的兵力给彻底收到了中央的手里。

原来六的一些职能基本上都被拆分了，像原先的吏通常会负责下设文选、验封、稽勋、考功四司，而如今变成了内务和组织，而原先像是负责理土田、及国家财政的机构，下设十三司，如今被划分为财政、农业、工商，以此类推，因此整个架构是发生了很大的变化。

至于教坊司则是被宁渝彻底给废止了，重新规划来的礼仪司归于内务，还有像僧录司和录司归为宗教，因此这些门将会彻底实行各理。除了行政与监督之外，宁渝将司法门也单独列了来，也就是大理寺来负责复审与平反刑狱。

宁渝明文规定，行政院、都察院、大理寺和枢密院属于平级，内阁局中协调，但是不得令所属门事情，一应计划与决定应该直接由各尚书直接决定，并报给内阁行审批。如果审批不通过则重新调整方案，连续两次审批不通过可直接呈递皇帝审批。

在制定完成这些制度后，最关键的便是内阁制的最终确认，当然并非是将内阁的权力扩大化，而是在某程度上缩小了许多，也就是宁渝来的联席长会议，当然过去的时候也有六官员参与，但是下各数量增多，再加上都察院与大理寺的地位后，因此将会显得更加独立。

而省级以下则是简化为府县二级，原来所谓的州一级全取消掉，将小县合并为大县，至于其他的佐官则是仿照中央架构，设置各省各府行政院，合院司所掌于一署，有民政、提学、度支、劝业

司。

从这一上，宁渝是决反对行外人去指导行内人的，虽然说那些阁老们在人心揣度上十分，可是在比较专业的东西上，就有些外行指导内行了，因此只给审批权，但是不给直接决定权。

这也是宁渝为了化监督的意义，他打算执行监督权力的都察院与负责行政的行政院彻底区分开来，将来都察院内的人员升迁也将会在都察院内行，以保证其组织架构尽量不会为外人所影响。