副都御史林俊巡抚四川，兼赞理军务，督促当地驻军讨伐。

蓝廷瑞、廖惠等攻破通江县，林俊派遣官兵及土兵攻获胜，杀死、溺毙的叛军有六千余人，并生擒廖惠。蓝廷瑞则奔红与鄢本恕合兵，经过陕西、汉中三十六盘至大山。林俊再次派兵攻，并获胜，叛军放弃辎重逃跑。

同年五月，鄢本恕、蓝廷瑞等人窜掠夺蓬州、剑州。朱厚照命兵尚书洪钟同巡抚林俊、总兵杨宏合镇压。又派遣巡视都御史崇熙、镇守太监韦兴同洪钟、林俊等一同镇压。次月，洪钟率军抵达四川，但是与林俊对军事署发生冲突，因此延误军机。蓝廷瑞借此召集散的属，恢复士气，并攻占营山县，杀死佥事王源。

洪钟因此与林俊一同总督四川队、陕西巡抚都御史蓝章督陕西兵，并号檄湖广河南军分压驻军，一同分兵攻，由洪钟、林俊两人总督。湖广队首先抵达陕西石泉县熨斗坝，叛军见此着急并祈求归降，被命抵达四川东乡县金宝寺。然而叛军意在缓兵之计，一边求降一边仍然掠杀。之后明军包围，叛军稍微退让。

六月十五日，蓝廷瑞将自己掠夺的一女装作自己女儿，嫁给领兵土舍彭世麟为妾，以求联合彭世麟。彭世麟借此邀请叛军首领到营中庆祝，却成功设伏逮捕蓝廷瑞等人。叛军听闻此事后大败逃散，明军趁机攻并获大胜。叛军只有廖麻未能逮捕。战报奏上后，正德皇帝加洪钟为太太保，林俊等人也有奖赏。

朱载康本来以为此事已了结，还没来得及松气，林俊的一份奏疏却在朝廷引起了轩然大波。四川的事情又起波澜。林俊的奏疏举报尚书洪钟收受四川官员贿赂，隐瞒引发白莲教作的真相。林俊在奏疏中指：导致四川叛的主要原因是巡抚四川右都御史崇熙伙同四川官员上下其手，勾结不法商人在成都等地改桑，导致大批的农田被毁。

镇守太监韦兴知情不报，也与这些不法贪官勾结，沆瀣一气，对朝廷隐瞒真相。尤其是镇守太监韦兴，利用手中着锦官城皇宝纺织局的便利，盘剥织，垄断蜀绵收购，倒卖到江南。这不良的风气还带到了驻军，许多军官被拉下，利用军车运输这些生丝和蜀锦，获取暴利。官场的风气败坏导致地方军队军纪涣散，大批的白莲教徒混。这才导致了四川的动。总之一句话，四川官场从上至下，都烂透了。

看完这份奏疏后，正德皇帝反而理了林俊，这是因为朱厚照信江彬和宦官，洪钟和韦兴收买了江彬以及皇帝边的宦官。反而倒打一耙，诬陷林俊索贿不成，危言耸听。正德皇帝采信了江彬的说话，反而下旨申斥林俊，致使巡抚右副都御史林俊愤然致仕。

尽御史台请求留用，正德皇帝仍旧批准辞呈。林俊走后，四川人号哭追送。不过这件事最终还是引起了皇太的注意，这才有了朱载康川这件事，正德皇帝对太还是信任的，就让他跑一趟。

朱载康带着东六率分人，在廉政公署骆文的陪同下，一路轻车简行，从汉中川，还在半路，就听说关键的证人巡抚四川右都御史崇熙服毒自尽。今天，另一个涉案人员韦兴也被人所杀。白莲教徒再现行踪，朱载康越发的觉得此事很不简单。