战火涂炭地区而言也是少有的黑暗时期。

蒙古帝国大汗蒙哥于1259年在四川驾崩，享年52岁。其四弟忽必烈与七弟阿里不哥开始争夺汗位。1259年11月，阿里不哥在宗王阿速台等大多数蒙古正统派的支持下于蒙古帝国首都哈拉和林通过“忽里勒台”大会即大汗位。与此同时，忽必烈与南宋议和后返回开平府（今内蒙古正蓝旗）。1260年3月，忽必烈在汉族地主阶级及分蒙古宗王的支持下于即大汗之位；4月，忽必烈设立中书省，总国家政务；5月，忽必烈颁布《即位诏》法令，并建元中统。由于忽必烈在中原汉地自行集会称汗，并且推行汉法，明显违背了蒙古传统，引起了阿里不哥和蒙古正统派的烈不满，忽必烈与阿里不哥随即展开了四年的汗位战争。1264年阿里不哥兵败投降，忽必烈夺得蒙古汗国的最统治权。但他推行的“行汉法”主张却造成许多蒙古贵族的不满，拒绝归附忽必烈汗国，结果导致其他几个蒙古汗国纷纷敌对。蒙古汗国事实上分裂为忽必烈政权（大汗辖区）和四大汗国，四大汗国名义上服从大汗宗主权，实际上各自为政。

元世祖忽必烈大元一统

公元1271年（至元八年），蒙古大汗忽必烈公布《建国号诏》法令，取《易经》中“大哉乾元”之意，正式建国号为“大元”。

1272年，在刘秉忠规划下，元朝建都于中原的大都（今北京市）。元朝的统治中心完全向中原转移。

1273年，元军攻陷樊城。不久，襄守将吕文焕投降。随后，元丞相伯颜督率大军沿江东下，南宋守将或败或降。1275年，南宋臣贾似被迫兵应战，但很快溃败。

1276年（至元十三年），临安陷落，宋恭帝被俘。之后，南宋大臣文天祥与张世杰、陆秀夫等继续在东南沿海持抗元，拥立益王赵昰为帝。赵昰死后，又拥立卫王赵昺，继续抗战。1278年底，文天祥兵败被俘。文天祥被囚于大都三年之久，拒绝了元朝的诱降，后从容就义。成吉思汗陵(今内蒙古鄂尔多斯)1279年（至元十六年），元将张弘范指挥元军在崖山消灭了南宋最后的抵抗势力，陆秀夫背着9岁的小皇帝赵昺投海而死，南宋灭亡。之后，元军曾攻过周边一些地区，如安南、占城、爪哇和日本等，其中以试图征服日本的战争最为著名，为忽必烈建造战舰的丽人有意建造和设计质量极其低劣的船只是导致忽必烈的蒙古舰队葬鱼腹的主要原因。

元朝中期

大德十一年（1307年），元成宗加封孔丘为“大成至圣文宣王”，并对孔的家族、弟等加封了称号。

大德十一年（1307年），成宗死，前太真金之孙海山即位于元上都，是为元武宗。并立其弟育黎力八达为皇太，约定兄终弟及，同时又约定育黎力八达死后，帝位复归武宗之和世剌。

至大四年（1311年），仁宗即位，但违背前约，封和世剌为周王，令其镇云南，而改立自己的儿硕德八剌为皇太。

延祐二年（1315年），元仁宗下令恢复科举制度，将儒家学说中的程朱理学定为考试的主要内容。从此程朱理学成为元朝（以及其后的朝代）的官方思想。

延祐七年（1320年），仁宗死，硕德八剌即位，是为元英宗。

至治三年（1323年），元英宗下令编成并颁布元朝正式法典——《大元通制》，共2539条。