如果大王决定不用韩非，把他放走，对我们不利，不如把他杀掉。”秦王轻信李斯的话，把韩非抓起来。据秦国法令的规定，狱中的囚犯无权上书申辩。韩非到秦国以后，又得罪了姚贾。姚贾为秦国立过功，得秦王的重用，被任命为上卿。韩非却向秦王说，姚贾不贵，当过大盗，在赵国官时被赶跑了，认为用这样的人是很不应该的，使得秦王很扫兴。事后秦王又向姚贾问起韩非，姚贯当然不会讲韩非的好话。在李斯和姚贾的串通下，韩非没有办法，只好吃了李斯送来的毒药，自杀而死。从此以后，李斯没有对手，更可以施展自己的才能，为秦王统一六国谋划策了。郡县制与焚书秦王政二十六年（前221年），秦王结束了长期分裂的割据局面，统一了中国，建立了一个东到大海，南达岭南，西至甘青原，北至今内蒙古、辽东的空前的封建大一统国家。秦王，这时已称为秦始皇了。为了巩固这个封建统一的国家，李斯也是了一定贡献的。

（另有一说，李斯一直想将韩非留在秦国，等秦灭韩之后再为秦国所用。但由于韩非之书《韩非》对于帝王之术、统治之术的分析过于透彻，导致秦王赵政对其才华到恐惧，加上韩非的三条不利于秦国发展的建议、姚贾的陷害，使秦王赵政将韩非下狱拷打。李斯实心救韩非，曾帮韩非呈韩非绝笔之作《初见秦》于秦王赵政，无奈秦王赵政铁心除韩非。后秦王赵政以韩非书中《八经》之三中除“”之术施于韩非：令李斯去理韩非一案（结合之前所言即让李斯杀死韩非），嫁祸于李斯，从而不背骂名。李斯无奈，只得从命而下毒于韩非饮，使韩非暴毙而亡。）

力驳分封定制颁法

秦统一以后，丞相王绾首先提全国地方太大，难以理，要求象周代那样，封秦始皇诸为王。秦始皇召开群臣会议讨论，群臣都赞同王绾的意见，只有李斯提不同的意见。他说：周文王、周武王封的弟很多，后来一个个都疏远了，互相视为仇敌，经常发生战争，周天也不能禁止。现在天下一统，应实行郡县，天下才得以安宁。秦始皇也认为，天下已经统一了，再立许多国，不利于统一，安宁也没有保障，所以支持李斯的意见。于是，他把全国分为三十六郡，郡以下为县。郡县制比之分封制是一个步，有利于国家的统一。

秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸称颂秦始皇时，博士淳于越很不知趣，向秦始皇说：殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给弟和功臣。现在天下如此之大，宗室弟没有封地，和百姓一样，万一发生了田常、六卿之变，又有谁来相救呢？凡是不以古为师而天下能长久的，没有听说过。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不的，使得秦始皇大为不满，把淳于越给丞相李斯理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观。他认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的法，也并不值得效法。那时候诸侯并列，互相争夺，现在天下统一，情况完全不同，不必效法古代。现在的一些儒生总讲古代如何如何好，这是以古非今，搅民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。

照李斯制定的法令，那是相当残苛的。凡是秦记以外的史书，不是博士（指掌古今文史典籍的官）所藏的诗、书、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、树之书。此后，如果有敢再谈论诗书者“弃市”（指在闹市区执行死刑，并将尸暴街，称为弃市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻皆受刑，称为族）”；官吏如果知而不检举者，与之同罪；令下后三十日仍不烧者，黥(意为用刀刺刻额颊等)再潦上墨为“城旦”（一刑罚，输边筑长城四年）。有想学习法令的，要以吏为师。

这次焚书的原因，是由于讨论是否分封的问题而引起的，无论是主张分封还是反对分封的大臣，都是为了秦始皇长久统治打算卜他们并无本利益上的对立。李斯借题发挥，最后竟造成焚书的结局，也不是没有缘由的。