曾国藩那有秦日刚和李秀成在，武昌守个一年半载的也应该没问题，是时候该回收拾向荣了。洪秀全下令，一定要利用下大军云集江南的机会，消灭江南大营，消除对南京威胁多时的最后一力量——江南大营。

命令一下，石达开立刻率沿江东，扑向常州，陈玉成也回师扬州，从扬州杀往镇江，在两位太平军有名的猛将指挥下，李时贤又带南京守军一战，三路大军二十余万人齐并，杀向清军经营多年的江南大营。向荣的江南大营很快招架不住，镇江首先丢失，向荣率在常州抵抗了半个多月，但最终还是败走无锡，得胜的太平军不依不饶，继续穷追猛打，无锡也被攻克，狼狈的向荣领四万残兵逃苏州，幸好苏州一直是杨一的防区，杨一走后，苏北沦陷，上海受到来自北面的威胁。留守的刘铭传、许名、韦晓声经过商议，从原先的民团中挑选五千余补充到新军里，充实苏南的防御，才使得苏州不至于无可战之兵。太平军也想一鼓作气拿下苏州，但追击向荣的先队赶到苏州城下的时候，被一通机枪大炮招待一番，丢下一千多尸狼狈逃跑。而这时的太平军经过一个多月的连续作战，无论给养，兵员都需要补充，而士兵的士气也是弩之末，鉴于守卫苏州的是新军，当年在泰州的教训不能忘记，在没有充分准备下，和这样一支装备良，又有固城墙依托的队是极度不明智的。而且这次作战的目的是消灭江南大营的实万清军，解除南京被多年围困的局面，这时西征队发来急报，曾国藩猛攻武昌，武昌吃。石达开在和陈玉成李时贤商量后，决定放弃攻苏州。

逃苏州的向荣，羞愤之余，在官邸内找一条绳上吊了。至此，短短三个多月内，清政府多年来赖以维持统治的主要军事力量八旗和绿营，在江南对太平军作战的战场上全面崩溃，两位钦差先后亡。从这以后，清政府不得不完全依赖湘军和新军来对抗活跃江南的太平军。

陈玉成在占领苏北后，开始大规模的推行（天朝田亩制度），此制度有田同耕，有饭同，有衣同穿，有钱同使，无不均匀，无人不饱”，“天下人人不受私，归上主”的神，否定封建土地私有制的神，受到广大农民的迎，纷纷响应。天朝田亩制度的推行严重威胁着地主士绅的利益，加之陈玉成本人穷苦，对地主阶级有相当的仇恨，所以在推行（天朝田亩制度）的时，对一些地主士绅采取了激烈的手段，把这些人完全推到了太平天国的对立面来。苏北的大批士绅也纷纷逃离家园，涌上海苏州，他们对太平天国的仇恨万分，但又拿太平军没办法，清军的八旗和绿营是指望不上了，所以他们急需一位有力的人来帮助他们夺回失去的东西，找来找去，最后他们把目光锁定在了背后有江浙财团支持，手中又握有重兵的新军首领，现任江苏巡抚，当初劝他们减租减息不成的人——杨一上。

江南江北大营崩溃，杨一率军突围到大别山，一连串的失败使咸丰心力瘁，很快病倒，在病床上的咸丰在征求各军机大臣的意见后。对满人将领极其失望之余，咸丰下旨封曾国藩为两湖总督总领两湖军政，给予地方财政权，督帅湖南，湖北，江西三省兵与太平军作战，同时也下旨，封杨一为两江总督，加快新军的建设步伐，争取重新夺回苏北，尽快对南京形成新的包围。