很多化论者相信达尔文的判断，他们前赴后继辛辛苦苦地到寻找各化石，力图构建一个完整的生化路线图。经过努力，化石是越找越多，但随之而来的失望也越来越大。虽然很多断裂的链条被弥补完整，比如始祖鸟似乎就是恐龙与鸟类之间的一个缺环。但是，对寒武纪之前化石的寻找却展缓慢，除了那些多得有烦人的单细胞化石外，基本上没有什么大的惊喜现。相反，1906年在加拿大落基山脉发现的伯吉斯动化石群和1984年在中国云南澄江发现的化石群都一再化了寒武纪大爆发现象。

之间确实缺少中间环节。教科书上绘制的化树，其实应该用一个一个来表示，而不是用线把它们连起来，因为当中的这些线，至少在化石上看起来，似乎是不存在的。而这些，有时是可以密集地现的，在化石方面的表现就是最为著名的寒武纪大爆发，那简直就是直接在扇达尔文的耳光。达尔文在《起源》的最后一版中忧心忡忡地写：“这个问题现在肯定还不能理解，而且会很快被用作反对这里所论述观的有力论据。”

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这是为什么呢？为什么会在寒武纪风起云涌的现呢？

达尔文说对了，寒武纪大爆发自发现以来，直到现在，就一直被作为攻击化论的重磅武。

在达尔文时代，他采取的就是这理方法，他持在寒武纪之前就应该存在连续的不断现的，只不过这之前的化石都没有被找全而已。照这一观，如果能找到全需要的化石的话，完全可以勾勒一条由少变多的渐过程。

有两对立的假说。一方认为，寒武纪大爆发是一假象，在这之前肯定有很多老祖先，只不过动柔的极不容易留下化石，所以造成了一假象，似乎那些有壳的和有骨架的后代是突然现的。

所谓寒武纪大爆发，是指在五亿六千万年到五亿三千万年前的三千万年时间内，特别是在其间最闹的三百万年间，门类从少到多迅速现的过程，并且个复杂程度也呈急剧上升趋势。这个“迅速”，并不是像反化论者所传言的那样所有是在一夜之间突然全冒来的，那只是与之前的长达三十多亿年的简单期相对而言。在此前的三十多亿年里，几乎一直是单细胞生的天下，铺天盖地地到都是蓝藻之类的简单生命。可是在寒武纪的这火朝天的三千万年内，却不断地现新的，以至于这一段时间内现的生类比现存的生门类总数还要多。现代动界中90%以上的类别都起始于寒武纪早期。寒武纪一声枪响，奠定了现代动多样的基本格局。但同时，有许多看起来奇奇怪怪的生门类在现不久以后就永远消失了，因为它们不符合自然选择的要求。

虽然1947年在澳大利亚中南埃迪卡拉地区发现的埃迪卡拉动群被认为是在前寒武纪时期形成的，但在时间上也只是非常贴近寒武纪的前寒武纪晚期，且动数量和门类稀少，本不足以抹平寒武纪大爆发现象。1998年，曾给科学家们带来无限兴奋的中国贵州瓮安生群，也很快被纳到常规轨中去了，并不能完全洗去大爆发给达尔文带来的尴尬。现在有一个观认为，复杂动现的年代上限应该是5.8亿年前，在此之前的地层化石中，应该不会再找什么像样的动了。那些辩称寒武纪之前的动不容易留下化石的学者也闭上了嘴，因

需要再次调的是，虽然这一现象被命名为“大爆发”，但其变化的过程仍然是在漫长的年代里照从少到多，从简单到复杂的程序行的，这一并没有违背达尔文的理论。所以，当神创论者责问著名化论学者霍尔丹(johnhaldane)有什么证据可以否定化论时，他回敬了一句著名的话：“一只前寒武纪的兔化石”。如兔般复杂的动，只能是照化的顺序在更晚的时期现。从这意义上来说，所谓的寒武纪大爆发其实并没有影响到化论的基础。让达尔文烦恼的只是，它们现的速度有快了。他希望它们能慢慢地现、不断地现，最好在漫长的地质年代中呈均匀的连续分布，这样看起来就漂亮多了，解释起来也省事，完全符合“渐变论”。