即位时还是个婴儿，由其母褚太后掌政、何充辅政。然咸康末年王导、庾亮相继而卒后，一直是王导外甥何充与庾亮弟庾冰夹辅王室，而冰弟庾翼镇荆州，既互相合作、又彼此抗衡。穆帝即位两月之后庾冰即卒，次年庾翼卒。此数人去世后，元老名臣所余无几，而王庾二族亦无足以继承世业的弟，不得已之下，何充于庾翼卒后调整朝局，以桓温代庾翼镇荆州，用桓温驱逐了庾氏势力，与先已镇徐州的皇太后父褚裒分居上下游要镇，而于中枢提夙负盛名的名士殷浩。不久何充即去世，代之辅政的是蔡谟与元帝幼会稽王司昱，司昱继承了何充留下的格局，但是与何充略有不同的是，来自上游桓温的压力此时已经比较明显，故司昱要倚任殷浩甚至褚裒来对抗桓温。然永和人论雄才大略实无过于桓温者，殷、褚清名甚盛，但均无实际才，司昱本人被谢安评为“惠帝之，清谈差胜”，亦可知其政治才华何如。朝廷以殷浩为中军将军、都督五州诸军事，委以北伐重任，以此抗衡桓温。结果殷浩大败而回，桓温遂掌大权。随着桓温实力增加与威望上升，中枢诸人迟早将无力与之对抗，这是何充甚至司昱都没有想到的。因而永和一朝的政局，于安定中寓危机，于风雅中寓凶险，虽不见刀光剑影，政治斗争却十分激烈。穆帝在位期间东晋派褚裒虽然北伐失败，但是由于桓温消灭了在四川立国的成汉，并夺回洛，但东晋的版图仍然有所扩大。穆帝永和年间是东晋一朝比较安定的时期，内外门阀士族相维相制，北方后赵浸衰以至分裂，无力南图，因而形成了“中外无事十有余年”的大环境，因而名士风、清言隽永，就成了永和之政的重要标志。这一时期主要主持朝政的会稽王司昱和扬州刺史殷浩，都以能清言著称，而司昱最为信重的“室之宾”刘惔与太原王濛，更是一代名士之宗。

东晋第六位皇帝，成帝，穆帝堂兄，哀帝司丕。哀帝本应继（成帝）司衍之位，但由于权臣庾冰的反对而无法即位。在穆帝司聃病逝无后，361年由禇太后立琅琊王司丕为皇帝，但因大将桓温当国，哀帝形同傀儡。哀帝即位不久就迷上了长生术，照士传授的长生法，断榖、服长生不老之药，结果哀帝服药后药大发而不能听政，遂由褚太后再次临朝。

东晋第七位皇帝，成帝、哀帝同母弟，废帝司奕于365年即位。桓温掌握朝政，且桓温也有意废掉司奕自即位为皇帝，在位5年被大将军桓温废为东海王，又贬为海西公，迁居吴县。之后司奕心灰意冷，提心吊胆、苟且偷生，沉迷于酒至死。桓温改立新帝后，开始陷害一些政见与他不合的皇族和大臣，将殷、庾两大族的势力削除殆尽。

东晋第八位皇帝，元帝少，简文帝司昱。371年十一月己酉日被桓温拥立为帝，完全听命于桓温。东晋自司睿开国江左以来，一直于士族门阀的支之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司睿、明帝司绍稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。到了简文帝司昱时，这皇权不振、士族专权的局面更达到极，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为“君”，史称“政由桓氏，祭则寡人”。第二年七月司昱得了重病，连发四诏促尚居姑孰的桓温朝辅政，桓温故意推辞，简文帝遂遗诏“大司温依周公居摄故事”，又说：“少可辅者辅之，如不可，君自取之。”此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。太原王氏的侍中王坦之迫简文帝同意将遗诏改为““家国事一禀大司，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）故事。”就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的谋，确保了司曜的顺利即位及东晋王朝的延续。桓温原本指望简文帝司昱去世前禅位于他，或自己摄理朝政，但大失所望，于是拒绝朝，直至宁康元年（公元373年）二月才到建康朝见孝武帝，并带兵朝。群臣惊慌失措，由于侍中王坦之、吏尚书谢安应付自如，恒温才没有发难，晋朝得以安宁。三月，桓温退兵。七月，恒温在姑孰病死。

东晋第九位皇帝，简文帝司昱三，孝武帝司曜，母亲是孝武文太后李陵容。372年即位。即位初期由从嫂崇德太后褚蒜临朝听政。14岁时（376）开始亲政，实权由谢安为代表的陈郡谢氏掌握。即位时期由于税赋改革与谢安当国，被称为