义熙元年，刘裕遣使到后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺、新野、舞等淮北诸郡，后秦皇帝姚兴可能鉴于西面战事吃，不想再在东面又与刘裕为敌，于是答应将淮北的南乡、顺、新野、舞等十二郡全归还给东晋。义熙二年，刘裕因功受封为豫章郡公，邑万，获赏绢三万匹。他的僚佐只比原太傅谢安府的僚佐低一等。义熙四年正月，因王谧去世，刘裕听从幕僚刘穆之劝言，朝商议继任人选。最终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，掌朝政大权。

州、并州八州诸军事、镇军将军，徐州刺史。不久其又奉武陵王司遵承制总百官行事。东晋末年，政治混，百官放纵，百业废弛，桓玄虽然也想整治，但众人都不听他的。刘裕以示范，先以威严约束廷内外，百官皆认真供职，二三天时间内，风气大变。刘裕在建康城后，派诸将追斩桓玄，晋安帝在江陵复位。然而，桓氏势力仍在荆州盘据，并反攻江陵。直至义熙元年，晋军才再收复江陵，驱逐当地桓氏势力，并迎安帝返回建康。不久，刘裕还镇丹徒。

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东晋自偏安以来，时时面临着北方的威胁。祖逖、庾亮、褚裒、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。为了大自，刘裕决定兴师北上。

义熙五年，南燕主慕容超袭位，纵兵肆淮北，俘虏平太守刘千载、济南太守赵元，驱掠百姓千余家。刘裕为抗击南燕，外扬声威，于四月自建康率舟师溯淮泗。五月，抵下邳，留船舰、辎重，改由陆路至琅邪。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。南燕鲜卑人恃勇轻敌，对晋军其境不以为虑。慕容超没有采纳征虏将军公孙五楼凭据大岘山之险，使晋军不能或清野、断晋粮之良策。六月，刘裕未遇抵抗，过莒县，越大岘山。南燕主慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵五万据临朐。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑四万继后。燕军至临朐，慕容超派公孙五楼率骑前，控制临朐城南的蔑。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。刘裕以战车四千辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推。晋军抵临朐南，慕容超派骑前后夹击。两军力战，胜负未决，刘裕采纳参军胡藩之策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐。慕容超单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固。刘裕乘胜追击北上，攻克广固外城。慕容超退守内城。刘裕筑围困之，招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣使驰往后秦求援。七月，后秦主姚兴派卫将军姚率步、骑兵一万，与洛守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使向刘裕宣称，后秦以十万兵屯洛，若晋军不还，当长驱而。刘裕识破姚兴虚张声势，不为所动。不久，姚兴被夏主刘击败于贰城，遂令姚撤回。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，割地、称藩于东晋，刘裕不允。南燕大臣相继降晋。九月，刘裕截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，晋军在前燕降将张纲的帮助下，制成了飞楼、冲车等攻城，加了攻防能力。义熙六年二月，贺赖卢、公孙五楼率军挖地击晋军，被击败，退回内城。刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，南燕灭亡。刘裕以广固久守不降为由，城后，尽杀南燕鲜卑族王公以下三千人以愤。慕容超被押送回师，在建康街斩首。