率亲友数百家来投晋元帝，要求率兵北伐。三一三年，晋元帝给他豫州刺史名义，又给一千人的粮和三千匹布，叫他自己去募兵、造兵。祖逖率曲百余家渡江北上，在淮铸造兵，募兵得二千余人。祖逖军纪律严明，得广大民众的护，屡次击败石勒军，收复黄河以南全土地。晋元帝给祖逖镇西将军的称号。三二一年，祖逖准备渡黄河击石勒，收复河北。晋元帝却派仅有虚名的渊征西将军，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州诸军事、司州刺史。真正征的祖逖官职是镇守；本不征的渊官职是征，而且祖逖已收复的和未收复的州，都归渊统辖，这显然是不信任祖逖的表示。当时王敦和晋元帝对抗，东晋内势必爆发，祖逖到前途无望，忧愤成病，就在这一年死去了。晋元帝怕臣下在北伐中立功，建立起崇的威望，对自己的帝位不利，却不想想专和臣下在内计较权利，自己原来就很有限的一些威望将愈益缩小，对帝位的保持更加不利。格言说得好，“人无远虑，必有近忧”，晋元帝正是这样的一个庸人。

晋元帝登帝位后，不满意王氏的骄横，想削弱王氏势力。他引用善于奉迎的刘隗、酗酒放肆的刁协作心腹，暗中作军事布置。王导被疏远，仍能保持常态，士族一般都同情他，刘隗、刁协反陷于孤立。王敦本来是个野心家，乘机以反对刘隗、刁协，替王导诉冤为借，谋篡夺。祖逖死后，王敦更无忌惮。三二二年，王敦在武昌起兵反晋，刘隗等人战败，王敦攻建康。王导和朝官们消极抵抗，王敦无法实现他的篡夺野心，只好退回武昌。三二三年，晋元帝忧愤病死，晋明帝继位，王导辅政。王敦以为有机可乘，加谋篡夺。三二四年，晋明帝乘王敦病重，发兵谋讨王敦。王敦派兵来攻建康，被晋军击败。王敦病死，篡夺帝位的战争告一结束。

东晋统治集团内最主要的矛盾是帝室和几个大士族之间的矛盾。帝室如果安分享受尊荣，不涉大族的权利，那末，各势力相对平衡，政治上呈现正常的局面。反之，帝室企图增自己的权力，因而引起大族的不满，野心家便乘机而起，要篡夺司氏的帝位。归还是那些大族保护帝室，推翻野心家，使势力又趋于平衡。晋元帝信任刘隗、刁协，并且用南方士族渊作将军，这是和王氏势力不相容的。王导认为佞臣扰朝纲，同意王敦来杀逐这些人。这些人被杀逐以后，帝室势力退缩回去，王敦还想篡夺，王导便宣称“宁为忠臣而死，不为无赖而生”，表示决的反对态度来维持帝室。

东晋朝在三九九年农民起义以前，重大政治事件的演变，本质上无非是这个主要矛盾在反复表现。

东晋统治集团和广大民众间的矛盾，当然是严重的。东晋政治是西晋政治的继续。首先是用人，“举贤不世族，用法不及权贵”，和西晋完全相同。大族人可以大官，大官可以横行不法，人民的痛苦，从这两句话里也就可见一般了。王导作扬州刺史，派属官到本州各郡考察政治。考察官回来向王导报告郡太守得失，只有顾和不说话。王导问他听到些什么事。顾和说，你是国家的首辅，应该让吞舟大鱼也能漏网去，何必计较地方官的好坏。王导连声称赞他说得对，其他考察官都追悔自己不该说话。这说明有势力的人了任何不法事，王导连听也是不愿意听的。扬州设立侨郡县，收容北方逃来的民众。他们不愿意屈服在非汉族的统治之下，背离乡土，亡到南方，可是他们的遭遇是什么呢？三二一年，晋元帝下诏：中原良民遭难在扬州诸郡当隶或佃客的人，免除他们的分，隶改充兵士，佃客改充运输兵。渊作征西将军，下有隶改充的兵一万人。可以当兵的隶多至一万，当然还有老弱不能当兵和被主人隐藏的人，人数可能比当兵的人更多些，当佃客的人数也不会比隶少。这个数以万计的和客，都是有血气的中原民众，因为他们有血气，亡到南方，却被士族迫作客。这自然也是王导连听也不愿听的一件小事，但东晋人民所受压迫的严重，从这件小事里可以推知了。东晋民众对统治集团是不可能有好意的，不过它终究是汉族政权，民众希望它抵御北方非汉族统治者的来侵，更希望它能北伐。因此，后来想打破大族间势力的平衡，从而夺取东晋帝位的人，总是借北伐来提自己的威望。

东晋朝的持续——晋元帝晋明帝在位共九年（三一七年——三二五年），在上述情况下，东晋朝算是确立起来了。自晋成帝至晋安帝隆安三年农民起义，共七十四年（三二六年——三九九年），情况同开始的九年区别不大，东晋朝也就象开始的九年那样安而复危，危而复安地持续着。